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用大肠杆菌 Klenow 片段标记合成的寡核苷酸实验

通常利用 T4 噬菌体多核苷酸激酶催化的磷酸化反应进行寡核苷酸的标记。但有时需要标记比活度更高的放射性标记的探针,最理想的情况下,磷酸化反应中每一个寡核苷酸分子上有一个 32P 原子掺人。而用大肠杆菌 DNA 聚合酶 IKlenow 片段合成与寡核苷酸互补的一条 DNA 链,可获得更高比活度的探针。本实验来源于分子克隆实验指南(第三版)上册,作者:黄培堂。


试剂、试剂盒

甲酰胺加样缓冲液大肠杆菌 DNA 聚合酶 IKlenow 片段变性聚丙烯酰胺凝胶寡核苷酸引物寡核苷酸模板[α-32P]dNTP

仪器、耗材

磷荧光粘贴标签水浴或模块

实验步骤

材料
溶液和缓冲液

10XKlenow 缓冲液
酶与缓冲液
大肠杆菌 DNA 聚合酶 IKlenow 片段
凝胶
变性聚丙烯酰胺凝胶




用方案 1 所述方法纯化引物。为确保有效记,反应液中引物浓度应 3~10 倍摩尔过量于 DNA 模板。
寡核苷酸模板


为保持反应底物的高浓度,应在尽可能小的体积中进行链延伸反应因此,使用溶于乙醇-水中的放射性标记 dNTP, 而不是溶于缓冲的水溶液中。适量体积的醇溶 [α-32P]dNTP 可在即将用于标记反应的微量离心管中混合及挥发干燥。为ZD限度减少前体化合物及探针的放射分解,尽可能在 [32P]dNTP 到达的当天进行探针的放射性标记。
专用设备
磷荧光粘贴标签(有商品供应)或极热级放射性墨水粘贴标签放射性墨水是由少量 32P 与防水黑色绘图墨水混合而成。在本方案中使用的墨水为“极热级”(手提式小型探测器计数大于 2000cps), 用一纤维尖笔将墨水点于粘貼标签上。应在纤维尖笔上贴上放射性物质专用标志胶带,妥善保管。化学发光标签可替代放射性墨水,可以从 Stratagene(Glogos) 公司购买。





在反应的任一阶段,dNTP 的浓度都不能低于 1umol/L 为保持反应底物的髙浓度,应在尽量可能小的体积中进行廷伸反应。
2. 在离心管中加入适量的寡核苷酸引物和模板寡核苷酸。


如有必要,反应过程中可取出小置(0.1ul) 样品,测定可被 10% 三(TCA) 沉淀的放射性的比例来监测反应的进程(参见附录 8)。
5. 用等体积甲酰胺加样缓冲液稀释反应混合液,于 80°C 加热 3 分钟,然后将全部样品加至变性聚丙烯酰胺凝胶。
6. 电泳结束后,卸下电泳装置,将聚丙浠酰胺凝胶黏附于一侧的玻璃上(详细操作见第 12 章的方案 11)。


通常掺入探针的放射性活度甚高,获得胶片图像的时间仅需数秒。
9. 胶片显影后,将放射性墨水的影像和放射性标签重叠,以定位探针在凝胶上的位置。切下条带,按第 5 章的方案 12 所述方法回收放射性标记的寡核苷酸。


2016-03-25
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