| 实验步骤 | 3.1 PROTICdb 概述
在输入或浏览数据时，每个ZZ用户需要一个 PROTICdb 账户（由您的管理员创建 ) 。作为一个新用户，首先要创建一个新的项目。一旦建立，该项目就属于这个用户，这个用户有权授予其他用户访问权限。为确保数据一致性的精确度，尽量不要用手动输入操作。因此，网页上包含受控词汇或以前加载到数据库的其他数据的组合框。当建立一个新的 PROTICdb 数据库时，受控词汇库是空的，用户可根据需要填充。这将确保一个公认的，如果可能的话，尽可能标准化的词汇表。这对于查询非常重要，因为这可以减少同义词的使用以及错误拼写。
网络界面包括以下 3 个主要内容：主菜单，弹出菜单和工作空间（图 23-1)。“ 用户登录”和当前项目的名称（ 之前选中的项目）显示在 PROTICdb 徽标下方。
( 4 ) 按照以下顺序填写表格：
a. 数字查询系统：你可以选择一个参考名称，通常指主凝胶的名字。
b. 检测软件：选择用于执行检测的软件的名称，这里选择 “ MELANIE” 。
c. 检测方法：这里指的是用于检测蛋白点的方法，如果需要的话，你可以新建或更新一个方法（见注释 5)。
d. 凝胶成像：选择做完蛋白点检测的凝胶名称，这里选 “ DV02121001”。
e. 扫描方法：指的是用来归一化蛋白点丰度数据的方法。
f. 主胶：指明所用凝胶是否为主凝胶（或参照凝胶）。在本演示中，凝胶 DV02121001 被视为主凝胶。
g. 权力保护：目前没有激活。但是，这一项应被列入未来公开发表数据的政策中。
h. 文件：点击这个按钮可浏览本地计算机磁盘（或网络分配磁盘），选择正确的梅拉尼生成的输出文件。在本演示中，选择 “ PROTICdb Demo, zip ” 中获得的 “ detections/DV02121001. txt” 文件。
i. 匹配文件：仅用于非主凝胶的梅拉尼文件上传。梅拉尼匹配文件包含一张凝胶和主凝胶之间匹配实验的结果。因为它与本演示无关，留空不填。
所有必填栏目填完后，提交表单。数据库处理这个文件可能要花很长的时间，这时千万不要中断 PROTICdb。如果发生错误，根据提示更正，并重新提交 （见注释 10)。
当处理完毕，系统通过 e- mail 将成功/错误的通知发送给用户。如果发生了错误，不记录任何蛋白点的鉴定数据。要按照提示更正，并重新提交。
注明蛋白点的位置和丰度数据的凝胶成像现在可以在凝胶浏览器上显示了（见 23.3.5 , 凝胶浏览器)。
3.3 基于文件的数据库填充：从个别植物到质谱
在这个数据提交实例中，我们将看到如何提交蛋白点检测和质谱鉴定结果。首先，我们必须创建或选择一个项目 （ 见 23.3.2 ) ，之后填充关于植物、植物样品、蛋白提取、凝胶以及成像的所有信息。这些数据将用来演示数据填充的第二种方法，即基于文件的填充方法。
1. 上传 “plant2image” 文件
( 1 ) 打开 PROTICdb 主页，并登录网页。
( 2 ) 从主菜单— “project selector” 中选择一个项目，或者创建一个新项目。
( 3 ) 选择主菜单— “file based feeding” — “plant2image ( txt 文件) ” （弹出菜单）。这时显示 “plant to image file upload” 和 “gel image file upload” 表单。
( 4 ) 在 “ plant to image file upload” 表单中选择或创建一个实验（见注释 4 ) 。
( 5 ) 从 “ plant to image file upload” 表单中检索 “ plant2image” 文件，用浏览器按钮上传。在本演示中，可在PROTICdb Demo, zip 找到上传的 Plant2image. txt 文件。通过点击 “ here is the excel template file” 这个链接，就可以访问一个 plant2image 模板文件（见注释 11)。这个文件的每一行分成 5 个部分描述一个样品：图像，凝胶，蛋白质样品制备和凝胶上样，植物样品的采集，以及植物的描述。当填写完这些部分，选择 “tabulation-separated text” 保存该文件。
( 6 ) 在 “Plant2image file upload” 表单中点击 “submit” 按钮（千万不要点击第二张表单中的提交按钮）。然后用 proticdb 处理这个文件。这可能会很耗时。处理过程中不要中断处理进程。众多的测试是要确保数据的一致性使其与受控词汇相配。提交文件中的方法名称必须符合已经在数据库中描述过的方法名称（新方法必须在事前被记录；见注释 5) 。如果测试失败，系统将通过 e-mail 将错误报告的邮件发送给当前用户，不保存所有数据。这时应按照错误报告建议更正并重新提交全部文件。如果处理成功，一份成功报告也会通过 e-mail 发出。
( 7 ) 从 “ gel image file upload” 到 “ image file format， ” 选择 “ jpg . ” 浏览您的电脑磁盘，选择与 plant2image 文件中描述的数据相对应的凝胶成像文件（见注释 8) 。JPG 格式凝胶图像必须用这个表单一张一张地上传。在本演示中，上传的 DV02041611.jpg 和 TB02052306.jpg 文件保存在 “ demo, zip” 压缩文件中。
( 8 ) 提交 “gel image file upload” 表单。
2. 质谱鉴定命令
单个蛋白质点可能被命名为几个名称或代码，如检测点数、匹配数、采集数等。因此，用一个质谱图去关联一个适当的蛋白点没有多大意义。为了避免错误， PROTICdb 的工作流程之一是生成一个携带单一的，送去做质谱鉴定的蛋白点质谱仪 ID 的文件 ( 相当于一个命令)。质谱仪就可以将携带蛋白点 ID 的结果返回到数据库中，这样就避免了名称含混不清的问题。在这个实例中，描述装有切下的蛋白点的微孔板的文件将被提交给数据库。在微孔板图中，每个切下来的蛋白质点都事先被用户命名为“ picked_spot” 。这个工作流程假设这个命令在图像分析数据（蛋白质点检测）被记录到数据库之前被发送到质谱仪。这样，当用户随后提交蛋白点检测和比对数据时，他或她将同时提供与蛋白点检测和比对数据代码相关的适当的“ picked_ spot”命名。这一步至关重要 ，因为它使得数据库将“ picked_ spot” 的编号与比对代码关联起来，确保能准确无误地整合质谱数据。
“ Identification Order” 创建步骤的输出是一个基本的 “Sequest” 软件兼容的文件。它包括微孔板上的每个样品。这个文件很有用，因为它可用 “sequest” 软件直接读取 ( 见注释 12)。
按以下步骤建立一个新的命令：
( 1 ) 在主菜单选择“ file based feeding” — 然后在弹出菜单中选择“ MS identification request (in)’’。
( 2 ) 选择 “ order spot identifications from one picture/detection” 并提交。
( 3 ) 选择与样品相应的凝胶成像图。（在这个实例中，微孔板上的蛋白点来自同一块凝胶）然后选择 “ DV02041611” 图像。
( 4 ) 点击 “request MS identification order for this picture ” 按钮，一个新表单便出现（图 23- 5 , 第 1 步 ) 。
( 5 ) 点击按钮 “ create a new virtual detection for this picture ” 创建一个虚拟蛋白点检测结果（记住：前面的图像分析结果直到现在还没有提交），这样就将微孔板中的蛋白点建立在数据库中。当真实的蛋白点检测实验完成后，上传结果，并且将质谱结果填入数据库后，这些蛋白点的信息将被更新。
( 6 ) 选择在第 13 步建立的 “virtual detections” 加载质谱鉴定结果。当梅拉尼输出文件提交后，那些 “ virtual detections ” 将被 “real detections ” 所取代。这时名为 “now you can subm it your order” 的新表单出现了。（ 图 23.6，步骤 2)。
( 7 ) 输入本次实验所用的微孔板的号码，点击 “set microplate number” ，接着点击“ get the microplate template” ，下载 excel 模板文件。在微孔板 excel 模板文件中，输入在这个鉴定命令中所用的微孔板的号码，当前 PROTICdb 用户的邮件地址，以及微孔板中的孔号（12 列 8 行 从 A 到 H) ，所用样品的准确名称：在 23. 3. 3 节 2 中用到的 “ picked _spot” 号码（见注释 1)。保存你的 Excel 文件为 “ tabulation-separated text” 格式（ 见注释11)。这张图对应着你的质谱仪中微孔板。准备足够多的微孔板文件。在这个演示中只有一个微孔板文件：“ demo, zip ” 文件夹中的 microplates/microplatedemo. txt。
( 8 ) 输入上样到微孔板上的样品号码，在这个演示的微孔板上有 9 个样品。
( 9 ) 浏览你的电脑硬盘选择微孔板文件。在这个演示中从准备好的“ demo, zip” 文件夹中获得 “ microplatedemo.txt ” 文件。注意在微孔板文件中的 e-mail 地址必须与 PROTICdb 中当前用户的 e-mail 地址一致。在 “ related species” 中输入：根据 NCBI 分类系统的种、属名称（与样品相关的来自其他物种的序列有时用于蛋白质鉴定的检索）。在本演示中输入 “ Oryza sativa. ”。
( 10 ) 填写余下的表单内容，然后点击 “ Submit” 。如果发生错误，会出现错误提示信息。根据信息提示更改你的文件，重新提交。提交成功会出现 “order n created ! ” 信息。记住这个识别命令代码，为方便日后访问鉴定报告。会有一封针对这个命令的输入文件以电子邮件的形式发送到当前用户。保留这个信息，保存这个输入文件。这个文件应当和蛋白点的微孔板一起被送到质谱仪。
3. 蛋白点检测结果文件的上传
使用 Melanie 软件时，你要用相应的 “ picked _ spot ” 名称注释每个蛋白点（见 23.3.3 节而要这样的话，必须建立一个用户定义的 “ picked _ spot ”专栏（见 Melanie 程序说明）。然后导出一份指标文本格式的蛋白点报告。
保存 Melanie 检测文件后，按照如下流程操作：
( 1 ) 在主菜单上选择 “file based feeding ”项目，然后在弹出菜单栏中选择“ virtual spot detection (update ) ” 。
( 2 ) 选择与 melanie 结果相应的图像，这里选择 “ DV02041611” 。
( 3 ) 提交。
这时出现一份先前建立的这张凝胶成像的虚拟蛋白点的检测目录（见图 23 -7, DY步） 。
( 4 ) 选择要更新的虚拟蛋白质检测（本演示中，只有一个虚拟蛋白质检测可以选择)。
( 5 ) 提交。
( 6 ) 出现类似在 23.3.2 节 4 中描述过的 “Spots detection file upload form” 表单( 图 23-8, 第二步）。像在 23. 3.2 节 4 中描述过的一样填写这个表单。在 “ demazip ” 文件夹中能找到 Melanie 输出文件 DV02041611.txt 。这张凝胶必须被指定为主凝胶。不填写 “ matchingfile” 栏目。现在还不用 private/public 区域。但是，设立这一项是考虑到未来预期的数据公布政策。
( 5 ) 选择或者创建鉴定方法（为了演示，你可以创建一个虚构的方法)。
( 6 ) 选择或者创建一个用于蛋白点比对的数据库（为了演示，你可以创建一个虚构的数据库)。
( 7 ) 点击 “browse” 选择 Sequest 鉴定报告文件。
( 8 ) 提交。
当处理完成后，系统将通过 e-mail 将一个成功或错误的通知发送给当前用户，如果发生错误，蛋白点鉴定信息都将不被保存。按照错误报告的建议更正，并重新提交一次文件。
注明蛋白点的位置和丰度数据的凝胶成像现在可以在凝胶浏览器上显示了（见 23 . 3. 5 , 凝胶浏览器)。
3.4 与其他用户分享数据
作为 PROTICdb 项目的拥有者，你可以很容易地与其他 PROTICdb 用户分享数据。你可以规定权限范围，以及精确地选择其他用户可以获得的权限类别，比如只读或全部权限。只有 PROTICdb 管理员才可以创建新的用户账户（ 见注释 14)。
( 1 ) 访问 PROTICdb 主页，并登入网页。
( 2 ) 选择主菜单上的 “ Administration” — “ project access management” （弹出菜单) 。
( 3 ) 选择你想要更新其权限的用户（ 见图 23-10, DY步）。
( 4 ) 点击 “update” 。
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