核酸凝胶电泳染料的选择

凝胶电泳是我们最基本的分子实验。其基本原理是电泳分子在电场作用下移动，因此它同电场的强度、电泳分子本身所带的净电荷数成正比。由于在电泳中使用了无反应活性的稳定的支持介质，从而降低了对流运动，故电泳的迁移率又同分子的摩擦系数成反比的。目前实验室中最常用的琼脂糖凝胶电泳染料有EB、GeneFinderTM、GoldViewTM、SybrGreenI、GelRed和GelGreen。下面对这几种核酸染料一一进行分析。
1.EB

EB本身在紫外下不发光，与单链、双链或三链DNA结合后发出明亮的荧光，EB-DNA结合物会导致染料的光漂白和DNA单链断裂，且具有潜在的诱变作用。EB的使用方法简单，可在制胶时将其加入进行前染，也可在电泳结束后进行后染。前染有利于节约时间，但是易出现条带变形拖尾等问题，后染较费时，但效果较好。
2.GeneFinder

GeneFinderTM染料ZD吸收峰为470nm，与该染料结合的核酸在紫外线下呈现绿色荧光，另外，该染料同样能引起有机体突变，在使用时候一样要采取适当的保护措施。
3.GoldView

4.SybrGreenI

5. GelRed和GelGreen

为配合紫外凝胶成像系统而设计的GelRed，其使用方法与EB一样极其方便简单。GelRed在预制凝胶中使用时仍然有极高的灵敏度，且在检测低浓度、微量DNA方面也表现出极高的灵敏度，尤其对小分子量的DNA检测非常灵敏。

GelGreen则可以满足使用蓝色可见光激光凝胶扫描仪或者可见光激发的DarkReader的研究人员的使用。GelGreen无论是在预制凝胶还是凝胶电泳后的染色中都优于SybrGreenI，且不存在后者的不稳定性问题。GelRed和GelGreen均有较强的稳定性，可以长期在室温下保存，且这两种染料的热稳定性也极高，在电泳缓冲溶液中时，均可用微波炉加热且不发生变性。含有染料的预制凝胶可成批制备，长期保存备用。

GelRed和GelGreen与EB或SybrGreenI等其他核酸染料相比安全性得到了极大的提高。独立的测试服务公司进行的标准艾姆斯氏测试结果表明，GelRed和GelGreen的特殊化学结构使其难以穿透细胞膜进入细胞，正是这一特性保证了实验者的安全，使实验者可以更加放心做实验。