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AP为磷酸酯酶，一般采用对硝基苯磷酸酯（p-nitrophenyl phosphate,p-NPP）作为底物，可制成片剂，使用方便。产物为黄色的对硝基酚，在405nm波长处有吸收峰。用NaOH终止酶反应后，黄色可稳定一时间。
AP也有发荧光底物（磷酸4-甲基伞酮），可用于ELISA作荧光测定，敏感度较高于用显色底物的比色法。

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