二代测序DNA快速建库试剂盒(Ion Torrent平台)

特别提示：包括二代测序DNA快速建库试剂盒(Ion Torrent平台)在内，本公司的所有产品仅可用于科研实验，严禁用于临床YL及其他非科研用途！

产品名称：二代测序DNA快速建库试剂盒(Ion Torrent平台)
英文名称：NGS Fast DNA Library Prep Set for Ion Torrent
产品货号：WE0228
产品规格：24次|96次

  本试剂盒提供了构建DNA文库需要的酶预混体系及反应缓冲液，包含除接头以外的所有成分，制备的文库可用于Ion torrent PGM、Ion Proton二代测序平台的测序。和常规建库方法相比，该试剂盒将多个步骤进行了合并，省略了多个纯化步骤，因此显著降低了起始模板DNA的zuì少需求量，缩短了文库构建时间。另外，试剂盒采用高保真DNA聚合酶进行文库富集，无偏好的PCR扩增，扩大了序列的覆盖区域，可GX的制备用于Ion torrent二代测序平台的DNA文库。

试剂盒组成：

组份	24次	96次
10×End Repair Buffer	200μl	800μl
End Repair Enzyme Mix	48μl	192μl
Ligation and Nick Repair Buffer	400μl	2×800μl
T4 DNA Ligase	48μl	192μl
Bst DNA Polymerase	48μl	192μl
2×HiFidelity PCR Mix	600μl	2×1.2ml
10×Primer Mix(5μM each)	150μl	600μl

自备仪器、试剂和耗材：
1、磁力架：建议使用Life公司磁力架。
2、DNA纯化回收试剂盒：建议使用百奥莱博磁珠法DNA纯化回收试剂盒(WE0205)。
3、样本接头引物试剂盒。
4、无水乙醇，EB(10 mM Tris-HCl, pH 8.0)，去离子水(pH 在7.0-8.0之间)。
5、反应管：建议使用低吸附的PCR管与1.5ml离心管；枪头：建议使用高质量过滤枪头防止试剂盒、文库样本污染。

实验前准备及重要注意事项：
1、避免试剂盒中Buffer的反复冻融，建议首次使用时将Buffer进行分装保存。酶在使用完应尽快放回-20℃保存，
2、PCR产物因操作不当极易产生污染，导致实验结果不准确，建议将PCR反应体系配制区与PCR产物纯化区隔离，并使用专门的移液器，定期对各实验区域进行清洁。

DNA建库流程示意图：

起始材料：5ng-1μg打断的双链DNA，溶于EB(10 mM Tris-HCl pH 8.0)或去离子水中，DNA纯度要求：OD260/OD 280=1.8-2.0。

DNA末端修复反应：
1、向200μl PCR管中加入以下成分，用枪头将上述溶液轻轻混匀，瞬时离心使所有组分收集到管底。

试剂	体积
10×End Repair Buffer	6μl
End Repair Enzyme Mix	2μl
fragmented DNA	X(10ng～1μg)
RNase-Free Water	Up to 60μl

2、将管子置入PCR仪中，热盖打开，反应程序如下：
20 min @ 25℃
10 min @ 70℃
Hold on 4℃

Adaptor 连接：
建议使用百奥莱博adaptor进行连接，也可选择使用Life、Kapa公司的adaptor，具体连接方法可参考各公司的产品使用说明书。以下为使用百奥莱博adaptor进行连接的操作步骤：
1、向上述反应液中直接加入以下试剂, 用枪头将上述试剂混匀，短暂离心，使溶液收集到管底。

试剂	体积
Ligation and Nick Repair Buffer	10μl
T4 DNA Ligase	2μl
Bst DNA Polymerase	2μl
Adaptor A	7μl
Adaptor P1	7μl
RNase-Free Water	12μl
Total volume	40μl

注意：建议Adaptor的加入量与DNA片段的摩尔比为10:1-20:1，具体Adaptor的使用浓度请参照下表。如果DNA量为10-100ng, adaptor建议使用浓度为1μM(小于260 bp)或 0.5μM(300-400 bp)。

插入DNA 量/反应	不同大小DNA 建议Adaptor 使用浓度
	130 bp	260 bp	320 bp	410 bp
1μg	10μM	10μM	5μM	5μM
500ng	5μM	5μM	2.5μM	2.5μM
100ng	1μM	1μM	0.5μM	0.5μM

2、反应步骤：
15 min @ 25℃
5 min @ 65℃
Hold on 4℃

Adaptor连接DNA片段的选择性回收：
  构建不同大小的DNA文库时，需进行DNA片段的选择性回收。若起始样本量低于50ng，不建议进行DNA片段选择性回收。可参考另一种方案，直接进行DNA片段的纯化。建议使用百奥莱博磁珠法DNA纯化回收试剂盒(WE0205)进行DNA片段选择性回收。若使用除百奥莱博以外厂家的磁珠，需自行摸索zuì佳磁珠用量。以下操作步骤采用百奥莱博磁珠法DNA纯化回收试剂盒，可选择回收DNA片段长度范围为310-370bp(读长为200bp)，反应起始体积为100μl。
1、涡旋振荡MCPure 20秒，使其彻底混匀为均一溶液；
2、将100μl adaptor连接反应缓冲液转移至一新的1.5ml离心管中；
3、加入60μl混合均匀的MCPure，涡旋震荡5秒钟后室温静置5分钟；
4、短暂离心，将离心管置于磁力架上，使磁珠和上清溶液分离，直至溶液澄清(约需5分钟)，小心地将上清溶液转移至新的1.5ml离心管中,并弃去磁珠；
注意：不要弃除上清。
5、向上清中加入20μl混合均匀的MCPure，涡旋震荡5秒钟后室温放置5分钟；
6、短暂离心，将离心管放于磁力架上，使磁珠和上清溶液分离，直至溶液澄清(约需5分钟)，小心移取上清并弃除，期间避免接触结合目标DNA的磁珠；
注意：不要弃除磁珠。
7、继续保持离心管固定于磁力架上，向离心管中加入250μl新配置的80%乙醇，室温放置30秒，待悬起的磁珠完全吸附后，小心弃除上清；
8、重复步骤7；为彻底移除残留液体，可将离心管短暂离心后，再次移除残留液体。
9、保持离心管固定于磁力架上，室温静置5分钟，使磁珠在空气中干燥；
10、将离心管从磁力架上取下，加入25μl 10 mMTris-HCl(pH 8.0)或去离子水(自备)，涡旋振荡使磁珠完全重悬于洗脱液中，室温静置5分钟；
11、短暂离心，将离心管放于磁力架上直至溶液澄清(约需5分钟)，将25μl洗脱液转移至一个新的PCR管中；

另一种方案：Adaptor连接DNA片段的全部回收：
1、涡旋振荡MCPure20秒，使其彻底混匀为均一溶液。
2、将adaptor连接反应液转移至一新的1.5ml离心管中。
3、加入1倍样品体积的MCPure，涡旋震荡5秒钟后，室温静置5分钟。
4、短暂离心，将离心管放于磁力架上，使磁珠和上清溶液分离，直至溶液澄清(约需5分钟)，小心吸取上清并弃除，期间避免接触已结合目标DNA的磁珠。
注意：不要弃除磁珠。
5、继续保持离心管固定于磁力架上，向离心管中加入250μl新鲜配置的80%乙醇，室温放置30秒，待悬起的磁珠完全吸附后，小心弃除上清。
6、重复步骤5。为彻底移除残留液体，可将离心管短暂离心后，再次移除残留液体。
7、保持离心管固定于磁力架上，室温静置5分钟，使磁珠在空气中干燥。
8、将离心管从磁力架上取下，加入25μl EB(自备)或去离子水，涡旋振荡使磁珠完全重悬于洗脱液中，室温静置5分钟。
9、短暂离心，将离心管放于磁力架上直至溶液澄清(约需5分钟)，将25μl洗脱液转移至一个新的PCR管中。

PCR富集：
1、在PCR管中加入以下试剂并混匀：

试剂	体积
连接adaptor后的DNA片段	20μl
2×HiFidelity PCR Mix	25μl
10×Primer Mix(5μM each)	5μl
总体积	50μl

2、PCR反应条件：

步骤	温度	时间	循环数
预变性	98℃	30s
变性	98℃	10s	4～12个循环
退火	65℃	30 s
延伸	72℃	30 s
终延伸	72℃	5min

注：样本量为1ug时，4-6个cycles，样本量100ng时6-8个cycles，样本量为10ng时10-12个cycles。PCR循环数可根据实验进行优化。

PCR产物的纯化：
1、涡旋振荡MCPure20秒，使其彻底混匀为均一溶液；
2、将PCR反应液转移至一新的1.5ml离心管中；
3、加入1倍样品体积的MCPure，涡旋震荡5秒钟后室温静置5分钟；
4、短暂离心，将离心管放于磁力架上，使磁珠和上清溶液分离，直至溶液澄清(约需5分钟)。小心移取上清并弃除，期间避免接触结合目标DNA的磁珠；
注意：不要弃除磁珠
5、继续保持离心管固定于磁力架上，向离心管中加入250μl新鲜配置的80%乙醇，室温放置30秒，待悬起的磁珠完全吸附后，小心弃除上清。
6、重复步骤5；为彻底移除残留液体，可将离心管短暂离心后，再次移除残留液体。
7、保持离心管固定于磁力架上，室温静置5分钟，使磁珠在空气中干燥。
8、将离心管从磁力架上取下，加入25μl EB(自备)或去离子水，涡旋振荡使磁珠完全重悬于洗脱液中，室温静置5分钟，短暂离心，将离心管放于磁力架上直至溶液澄清(约需5分钟)，将25μl洗脱液转移至一个新的PCR管中，DNA文库在-20℃保存。

储存条件：-20℃

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