16S&18S&ITS扩增子测序

扩增子测序是指通过对环境样品，用特定引物进行PCR扩增后，对特定长度的PCR产物进行测序的过程。根据不同的研究目的和需求，扩增子测序主要包括16S rDNA测序、18S rDNA测序、ITS测序。

 

16S rDNA是细菌染色体上编码16S rRNA相对应的DNA序列，存在于所有细菌染色体基因中。共包括9个可变区和10个保守区，保守序列区域反映了生物物种间的亲缘关系，而高变序列区域则能体现物种间的差异。通过对16S rDNA中某个可变区进行测序，可以对特定环境下的细菌和古菌进行微生物群落多样性的鉴定。

 

18S rDNA是编码真核生物核糖体小亚基rRNA（18SrRNA）的DNA序列，序列中既有保守区又有可变区。由于18SrDNA在进化速率上比较保守，可以检测特定环境下的真菌群落多样性。

 

内转录间隔区ITS是位于真菌核糖体DNA（rDNA）上18S 和28S 基因之间的区域片段，主要包括内转录间隔区1（ITS1）、5.8S rDNA、内转录间隔区2（ITS2），其两侧分别是18S RNA 基因和28S RNA 基因。ITS序列由于选择压力小，因此在进化过程中能够承受更多的变异，也可用于检测特定环境下的真菌群落多样性。

技术参数：

样本类型：基因组DNA，样本总量≥2 μg，样本浓度：≥50 ng/μL
PCR产物，样本总量≥400ng，样本浓度≥20 ng/μL
测序策略：HiSeq PE250，推荐测序数据量：3万条Tags
项目周期：40个工作日

 

生物信息分析内容：

1、数据质控；
2、Paired-end reads拼接成Tags；
3、去除嵌合体；
4、OTUs聚类及物种注释；
5、物种组成和丰度统计；
6、Alpha多样性分析；
7、Beta多样性分析；
8、主成分分析（PCA分析）/主坐标分析（PCoA分析）；
9、多元统计分析（T-test、Metastat分析、LEfSe分析、Anosim和MRPP分析）