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circRNA-miRNA-mRNA-Network

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  • 构建circRNA调控网络——CircRNA-mRNA-miRNA-Network


          分别对miRNA与mRNA、miRNA与circRNA进行靶向预测，并根据表达趋势取负相关。根据结果找出具有mRNA-miRNA-circRNA关系的mRNA/circRNA对。计算差异基因和差异circRNA间的共表达关系，挑选出互为正相关的基因与circRNA。根据上述分析结果，选出存在于mRNA-miRNA-circRNA关系中，并互为正相关的mRNA/circNA对。这对mRNA/circRNA即可能互为ceRNA，再通过MREs的数量和结合分值评估ceRNA的竞争能力。结果样式如下：
    文章案例：为了研究晚期喉癌组织中lncRNA和mRNA的异常表达，我们利用lncRNA和mRNA整合芯片筛选了9对原发性IVA期喉癌组织和癌旁组织的lncRNA和mRNA表达谱，发现1459个差异表达的lncRNAs和2381个差异表达的mRNA，其中包括846个上调的lncRNAs和613个下调的lncRNAs，1542个上调的mRNAs和839个下调的mRNAs。对差异lncRNA和mRNA进行共表达分析，加上生信预测miRNA-mRNA及lncRNA-miRNA关系，ZH构建出ceRNA网络，筛选核心lncRNA-miRNA-mRNA。后期采用qRT-PCR方法进一步验证。这项实了lncRNAs和mRNAs是晚期喉癌的潜在生物标志物，可用于未来的进一步研究。（芯片检测+数据分析由中康博提供）
     
     
    参考文献： Ling Feng et al. Integrated Analysis of Long Noncoding RNA and mRNA Expression Profile in Advanced Laryngeal Squamous Cell Carcinoma. Plos one. 2016. 
     
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