细菌16SrDNA菌种鉴定

 

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16SrDNA鉴定是指用利用细菌16SrDNA序列测序的方法对细菌进行种属鉴定。包括细菌基因组DNA提取、16SrDNA特异引物PCR扩增、扩增产物纯化、DNA测序、序列比对等步骤。是一种快速获得细菌种属信息的方法。

 

 

 

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细菌rRNA（核糖体RNA）按沉降系数分为3种，分别为5S、16S和23S rRNA。16S rDNA是细菌染色体上编码16S rRNA相对应的DNA序列，存在于所有细菌染色体基因中。

 

 

 

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16S rDNA是细菌的系统分类研究中最有用的和最常用的分子钟，其种类少，含量大（约占细菌RNA含量的80％），分子大小适中，存在于所有的生物中，其进化具有良好的时钟性质，在结构与功能上具有高度的保守性，素有“细菌化石”之称。在大多数原核生物中rDNA都具有多个拷贝，5S、16S、23S rDNA的拷贝数相同。16S rDNA由于大小适中，约1.5Kb左右，既能体现不同菌属之间的差异，又能利用测序技术较容易地得到其序列，故被细菌学家和分类学家接受。

 

1、16S rRNA 普遍存在于原核生物中。rRNA 参与生物蛋白质的合成过程，其功能是任何生物都必不可少的，而且在生物进化的漫长历程中保持不变，可看作为生物演变的时间钟。

2、在 16S rRNA 分子中，既含有高度保守的序列区域，又有中度保守和高度变化的序列区域，因而它适用于进化距离不同的各类生物亲缘关系的研究。

3、16S rRNA 的相对分子量大小适中，约1540个核苷酸，便于序列分析。

4、可变区序列因细菌不同而异，恒定区序列基本保守，所以可利用恒定区序列设计引物，将16S rDNA片段扩增出来，利用可变区序列的差异来对不同菌属、菌种的细菌进行分类鉴定。

 

 

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使用PCR方法扩增特定环境样品中混合细菌16SrDNA，使用TA克隆方法构建细菌16SrDNA文库，挑选阳性克隆测定细菌16SrDNA部分序列，并与GenBank中已知序列进行同源性比较，获得特定环境中的细菌菌落结构和细菌多样性信息。

 

 

 

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1、送样要求

 

若提供平板、甘油菌或穿刺菌，请注明培养条件，菌种培养需特殊培养基的请提供培养基；请确保您提供的平板或斜面上的单菌落经过至少三次的分离纯化。因实验样品不纯造成的测序套峰，我们将收取全额的实验费用。

若提供基因组样品，请确保其浓度≥10ng/μl ，总体积≥50μl ，样品定量检测结果将以我们为准。

若提供菌株为革兰氏阳性菌，建议您提供基因组DNA。

我们不接受有致病性样品。如果您的菌株带有致病性，请提供该菌株的基因组DNA，并对其进行处理以灭活致病菌。

 

2、实验周期

10-15天

 

3、收费标准

咨询本公司

 

4、提供结果

（1）实验报告，包括实验流程，PCR产物电泳图、进化树结果等

（2）测序峰图文件

（3）序列文件