简化基因组甲基化测序MethylRAD-Seq-欧易生物

Methyl RAD技术（Wang et al., Open Biol., 2015）使用了甲基化修饰依赖性内切酶，如FspEI、MspJI、LpnPI、AspBHI等，此类内切酶会识别DNA上发生甲基化的胞嘧啶，在识别位置的下游隔一定距离切割双链。
若DNA双链具有ZX对称甲基化状态，则可以切割产生一个固定长度的双链DNA片段。对酶切产生的标签建库测序，即可进行甲基化位点的定性和相对定量分析。 1. Methyl RAD 技术中使用的是什么类型的酶？
以其中一种内切酶 FspEI 为例，其识别序列为 5’-CC-3’，且第二个胞嘧啶需发生甲基化，在此胞嘧啶所在链的右侧第 12 个碱基处、反向链右侧第 16 个碱基处进行切割，此时若反向链ZX对称位置上存在同样的识别位点，则可切割产生 Methyl RAD标签，用于建库测序。

2. Methyl RAD检测到的甲基化位点数量如何？
Methyl RAD技术文章（Wang et al., Open Biol., 2015）中有Methyl RAD 和WGBS在拟南芥中检测到的CCGG和CCWGG两种甲基化位点的数量对比，从中可以看出二者的检出数量吻合度非常高。

3. 如何调整标签密度？
Methyl RAD技术既可以增加标签密度，也可以降低标签密度。增大密度：可同时使用两种或两种以上的内切酶进行建库测序；降低密度：酶切后产生的片段为粘性末端，并且粘性末端的碱基是随机的。因此，在对酶切片段连接接头的过程中，可通过选择性接头特异地选择部分标签进行建库，以达到降低密度的目的。