Affymetrix HTA 2.0芯片检测
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研究表明，数万个人类基因组中包含了几十万个外显子，它们产生了几十万不同的转录本异构体。当基因的外显子在加工好的信使RNA中被保留或者去除时，这些转录本异构体就产生了。HTA 2.0（Human Transcriptome Array 2.0）是目前分辨率ZG的表达谱芯片，这一高分辨率芯片包含了超过七百万个探针，完整全面覆盖了编码和非编码转录本。其中，70%的探针覆盖于编码转录本的外显子，30%的探针覆盖外显子-外显子之间的剪切位点连接处和非编码转录本，可同时用于基因表达、可变剪接检测；另外，该芯片还收录了大量非编码RNA片段，可用于非编码RNA转录的检测。该芯片通过GX扩增方法，可以从低至50ng的总RNA起始进行高通量、低成本检测，非常适合临床样本转录组水平全面基因组研究。
HTA2.0是目前分辨率ZG的表达谱芯片，这一高分辨率芯片包含了超过七百万的探针，全面覆盖了编码和非编码转录本。其中，70%的探针覆盖于编码转录本的外显子，30%的探针覆盖外显子-外显子之间的连接处和非编码转录本。另外，为确保转录组的均一覆盖，HTA2.0对每个外显子设计约10条探针，每个外显子-外显子之间的连接处有4条探针，可保证每个实验都能获得完整、准确和可重复的数据。
其探针设计方式如下图所示：
技术优势
全面的转录本信息:>730万的高密度探针全面覆盖编码和非编码转录本信息。整合了多个公共数据库，包括RefSeq, UCSC, Vega, GENCODES,MGC, lincRNAs TUCPs, lincRNAdb, UCSC lincRNA, noncode.org 等，保证了HTA2.0 涵盖的探针信息更完整。
分辨率高：是目前分辨率ZG的基因表达分析芯片，包含超过七百多万不同探针，每个外显子设计约10 条探针，每个外显子junction区域有4条探针，完整覆盖了编码和非编码转录本。可以检测已知的转录本及可变剪接。
全新数据分析软件（TAC）：该软件可进行基因差异表达分析和可变剪接分析；较好的图形化展示结果，可展示不同 transcript isoforms；对于关注的转录本可直接链接到公共数据库。
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| HTA2.0 | RNA Seqence |
| 数据库来源 | 兼顾多个数据库，全面检测转录本 | 参考的数据库较少，会遗漏可变剪接的发生 |
| 检测准确度 | 对于低丰度基因也可准确检测 | 10-20M数据量很难检测到低丰度基因 |
| 数据分析 | 快速、全面 | 需要专业生物信息学人员 |
| 实验周期 | 较短 | 较长，花费数月时间 |
结果展示
