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SMARTer Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing – v3—单细胞RNA反转录扩增试剂盒

产品信息
  • 在研发新的SMARTer超低起始量RNA建库试剂盒的过程中,我们既总结了过去几年内部研究的成果,有结合了过去几年外部实验室的研究数据,为的就是创造一种新的超低建库起始量的转录组分析方法。这个新的试剂盒以Clontech研究20年的SMART(Switching Mechanism at 5‘End of RNA Template)技术为基础,提供给大家一种效果显著提高的新方法。这款SMARTer Ultra Low Input RNA Kit 可以从一个细胞或者非常少的Total RNA为起始,构建一个用于RNA测序的cDNA文库。以1-1000个细胞或者10pg-10ng的total RNA为起始,构建一个全长的cDNA文库。和以前的SMARTer试剂盒相比较,新的SMARTer Ultra Low Input RNA Kit V3 可以鉴定出更多的基因,更高的转录组mapping rate,更全的外显子覆盖度。这款试剂盒适用于多个平台,包括Illumina和Ion Torrent。

    特点:
    • 流程简单:单管操作,全细胞起始,保持样本的完整
    • 无与伦比的敏感度:1个细胞或者10pg的total RNA起始(起始量范围:1-1000细胞或者10pg-10ng的total RNA)
    • 改进了cDNA扩增流程:SeqAmp DNA Polymerase包含在试剂盒中,可以有效的扩ZGGC基因
    • 适用于多重测序平台:从DNA文库即适用于Illumina平台,又适用于IonTorrent平台
    • 高质量的RNA-seq数据:鉴定更多数量的基因,全长基因的分析,rRNA比率小于2%,并且明显改善了对高GC区域的处理能力

     

    上图比较了两款试剂盒的性能,SMARTer Ultra Low Input RNA for Illumina Sequencing Kit(UL-HV)和SMARTer SMARTer Ultra Low Input RNA for Illumina Sequencing Kit-V3(UL-v3)试剂盒,分别采用100pg人脑部的总RNA(HBR)和10pg的小鼠脑部的总RNA进行建库,在Illumina的MiSeq平台上进行测序,当建库起始量较低的情况时,UL-V3的敏感度明显好于UL-HV。

     

    上图为单个细胞或1000个细胞(Hela or Jurkat Panel A and Panel B, respectively)采用 SMARTer Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing – v3进行扩增,得到的cDNA样本在Agilent 2100上进行分析,单一的主峰指出了cDNA的纯化效果和产量(另外,Hela细胞样本~1kb附近的peak值使用单个的高表达基因FTH1所导致的。)

     

    上图为应用两款试剂盒UL-HV和UL-V3,100pg的人脑部总RNA,建库测序所得到的比较结果。根究GC含量和相关系数来比较两款试剂盒,同一款试剂盒重复测试的基因数量保持了很好的一致性,不论是UL-HV还是UL-V3,但是当比较这两款试剂盒的时候,相比UL-HV来说,UL-V3高GC区域的基因(红色)表现出更高的表达,而中等或者低GC含量的区域(分别为灰色和蓝色)显示出相似的表达情况。

     

    两款试剂盒,两种不同的细胞类型,均表现出了非常好的均一度。

     

    1个或者1000个细胞,UL-V3试剂盒进行构建文库,不论是Illumina平台,还是IonTorrent平台,均表现非常好,非常稳定的效果。

     

    文件下载:
     Certificate of Analysis 
     User Manuals 
    产品目录:
     
    货号  Product  包装大小
    634848 SMARTer® Ultra™ Low Input RNA Kit for Sequencing – v3 12 Rxns
    634849 SMARTer® Ultra™ Low Input RNA Kit for Sequencing – v3 24 Rxns
    634850 SMARTer® Ultra™ Low Input RNA Kit for Sequencing – v3 48 Rxns
    634851 SMARTer® Ultra™ Low Input RNA Kit for Sequencing – v3 96 Rxns
    634852 SMARTer® Ultra™ Low Input RNA Kit for Sequencing – v3 192 Rxns
    634853 SMARTer® Ultra™ Low Input RNA Kit for Sequencing – v3 480 Rxns

     

    额外需要
    货号 Product  包装大小
    638504 SeqAmp™ DNA Polymerase 50 Rxns
    638509 SeqAmp™ DNA Polymerase 200 Rxns

     

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    温馨提示:不可用于临床ZL。
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