NSAM-02 基因组注释-基因预测

NSAM-02 基因组注释-基因预测 

基因预测是注释高通测序数据所获得的连续的基因组序列重要分析内容。分析目的是预测完整的转录本可编码蛋白区域（开放阅读编码框或ORF）的外显子-内含子结构。通过预测获得的功能基因可以通过引物设计RT-PCR和测序方法直接验证基因结构。

真核基因预测：本方案通过马尔科夫算法和HMM算法可以推断Z可能出现的基因形式，包含编码区外显子，可变剪接边界，内含子ZX区域，以及其他基因结构。对每种结构的状态和可能性做出评估；可以结合更多已知的序列特征信息综合预测新基因的结构。本方案可通过采用编码区预测算法，同时结合启动子，剪接体和polyA位点预测算法共同地预测基因的可编码区域。

原核基因预测：目前超过1000种微生物已经完成了基因组测序。而不断增加的测序项目需要好的计算方法用于预测和注释新获得的基因组。基于高通量测序数据进行基因探测与识别是研究生化代谢反应，生理分子功能的重要环节。本方案可以采用多种原核基因探测方法，综合不同方面的结果给出可靠的基因预测。

 

 

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 de novo 基因组测序

基因组从头测序（de novo sequencing）是不需要任何参考序列资料即可对某个物种进行测序，用生物信息学分析方法进行拼接、组装，从而获得该物种的基因组序列图谱。利用全基因组从头测序技术，可以获得动物、植物、细菌、真菌的全基因组序列，从而推进该物种的研究，为后续研究物种起源进化及特定环境适应性奠定基础。为该物种的后基因组学研究搭建一个GX的平台；为后续的基因挖掘、功能验证提供DNA序列信息。BioGenius利用新一代高通量测序技术(NGS)，并可联同单分子测序平台(Bionano)GX地完成所有物种的基因组序列图谱。

更多详情：http://www.biogenius.cn/htm/products/genomics/denovogenome/analysis/13.html
 

 

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