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App NGS 表观组测序 Bisulfite甲基化测序

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  • 表观组测序 Bisulfite甲基化测序

    DNA甲基化是重要的表观遗传学标记信息,获得全基因组范围内所有C位点的甲基化水平数据,对于表观遗传学的时空特异性研究具有重要意义。我们以新一代高通量测序平台为基础,结合全基因组Bisulfite处理和生物信息数据分析技术,进行低成本、GX率、高准确度的全基因组DNA甲基化水平图谱绘制。特定物种的高精确度甲基化修饰模式的分析,必将在表观基因组学研究中具有里程碑式的意义,并为细胞分化、组织发育等基础机制研究,以及动植物育种、人类健康与疾病研究奠定基础。

    重亚硫酸盐转换原理

    重亚硫酸盐(HSO3-)可将未甲基化C转换为U,但不能讲甲基化C转变为T。
     

     

    DNA测序技术在重亚硫酸盐处理样本前后对DNA基因组进行测序,经前后序列比对可判别甲基化状态
     

     

    采用EZ DNA Methylattion-Gold kit进行Bisulfite处理

    EZ DNA Methylation-Gold Kit是EZ DNA Methylation Kit的改进版。EZ DNA Methylation-Gold Kit将DNA变性过程和亚硫酸氢盐转化过程合成一步,使整个过程更快,可在3小时内完成。此步骤采用温度变性来取代之前方案中使用氢氧化钠的化学变性过程。转化之后,试剂盒可回收75%以上的DNA。

    试剂盒的设计可以减少模板降解和纯化过程中的DNA损失,并且完全转化未甲基化的胞嘧啶,转化效率在99%以上。回收的DNA对于PCR扩增、限制性内切酶消化、测序、芯片等下游分析是很理想的。

    若你的样品量很少,Zymo还提供了另外一个好选择——EZ DNA Methylation-Direct Kit。它能够彻底转化来自血液、组织、细胞、FFPE和LCM样品中的DNA,而事先无需纯化。这款试剂盒的灵敏度更高,即使10个细胞或50 pg DNA也能对付,DNA回收率在80%以上。与EZ DNA Methylation-Gold Kit一样,DNA变性和亚硫酸氢盐转化是一步完成的。
     

     

     

    技术优势

    检测精度高:单碱基分辨率,精确分析每一个C碱基的甲基化状态;

    效率高,耗时少:借助新一代高通量测序平台,对全基因组5mC信息进行GX扫描;

    性价比高:相对于传统PCR+Sanger测序方法,费用少。

     

    技术服务流程


     

    技术参数

    1. 样品要求

    样品类型: DNA 样品;

    样品需求量(单次):10~30μg

    样品浓度:≥ 30 ng/μL;

    样品纯度:OD260/280 =1.8~2.0。

    其他注意事项:

    1)         采用QUBIT 对 DNA样品进行检测,DNA量以检测结果为准;

    2)         若DNA总量超过样品要求,可以进行样品备份;

    3)         项目完成后,将不再保存剩余样品。

     

    2. 测序策略

     HiSeq 测序平台,PE 2X100;

     

    3. 项目执行周期

    1Gb以下基因组,样本量小于10个,每个样本10X基因组覆盖度的数据,标准流程的运转周期约为50个工作日;

    样本数量更多时,项目的运转周期根据项目的规模而定。



    BioGenius Basic Analysis基础模块数据分析

     

    1. Bisulfite测序序列与参考基因组比对;

    2. 测序深度和覆盖度分析:C碱基有效测序深度的累计分布统计和不同reads测序深度下的基因组覆盖度;

    3. C碱基甲基化水平评估:C、CG、CHG和CHH平均甲基化水平;

    4. 全基因组甲基化水平分布趋势:

    1) 甲基化C碱基中CG、CHG和CHH的分布比例;

    2)  CG、CHG和CHH中的所有C的甲基化水平;

    3) 各条染色体、不同基因区域和不同基因元件区域中CG、CHG和CHH中C的甲基化水平;

    4)  CHG和CHH中甲基化C附近10 bp的序列特征分析;

    5) 全基因组甲基化图谱:染色体水平的甲基化C碱基密度分布,不同基因组区域和转录元件中的DNA甲基化水平;

    6) 差异性甲基化区域分析(DMR)。
     

    BioGenius Advanced Analysis高级模块数据分析
    • DSAM-05 DNA甲基化与基因转录表达关联分析
    • DSAM-06 DNA甲基化与siRNA/piRNA调控关联分析
    • DSAM-07 DNA甲基化与正反义链基因关联性分析
    • DSAM-08 CpG甲基化状态的动态性分析
    • DSAM-09 DNA甲基化与染色质组蛋白修饰关联分析
    • DSAM-10 基于DNA甲基化谱构建疾病诊断预测模型
    • DSAM-11 DNA甲基化序列结构基序特征分析

    更多详情:http://www.biogenius.cn/htm/products/bisulfiteseq/

     

     

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    官方网站:www.biogenius.cn 
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