由于ChIP-Seq的数据是DNA测序的结果，为研究者提供了进一步深度挖掘生物信息的资源，研究者可以在以下几方面展开研究：
（1）判断DNA链的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰；
（2）检测RNA polymerase II及其它反式因子在基因组上结合位点的精确定位；
（3）研究组蛋白共价修饰与基因表达的关系；
（4）CTCF转录因子研究。
研究内容
1．测序
对客户提供的ChIP样品（如果有阴阳参启动子区域或DNA序列的）进行定量检测，检测合格后进行测序文库构建、DNA成簇（Cluster generation）扩增、高通量测序。
2．基本数据分析
数据产出统计：对测序结果进行图像识别（Base calling），去除污染及接头序列；统计结果包括：测定的序列（Reads）长度、Reads数量、数据产量。
3. 高级数据分析
标准高级数据分析内容包括：
（1）ChIP-Seq序列与参考序列比对；
（2）Peak calling：统计样品Peak信息（峰检测及计数、平均峰长度、峰长中位数）；
（3）统计样品Uniquely mapped reads在基因上、基因间区的分布情况及覆盖深度；
（4）给出每个样品Peak关联基因列表及GO功能注释；
（5）在多个样品间，对与Peak关联基因做差异分析。
技术特点
分辨率高：精确至单个碱基。
检测范围广：覆盖全基因组，可以研究在基因组上稀有存在的目的位点（Sharp binding）。
信噪比高：没有动态量程局限，背景低。
需要的样品量低：每个样品仅需要10-50ng的DNA。
灵敏度高：每个ChIP样本可获取数百万个有效序列标签。
