提供全基因组测序相关服务

大片段全长鸟枪法测序

  

“鸟枪法”由美国塞莱拉遗传公司创始人克雷格·文特尔发明，核心思想是将DNA片段打成小片段再测序，然后通过强大的计算机运算方法对其进行排序。“鸟枪法”测序为人类基因组计划做出了突出的贡献，并且随着BAC/ FOSMID/COSMID等大容量载体的不断完善和广泛的应用，鸟枪法测序也成为了研究工作中获取大片段序列很常规的方法。

 

全基因组鸟枪法测序原理

 

对某基因组文库全部克隆片段进行末端序列测定中未测到的碱基数，即缺口(gap)，与已测定的总碱基数相关。随着已测定碱基数的增加，缺口的总碱基数目会按照泊松公式的一个推论（P=e-m）迅速减小。其中P为基因组中某个碱基未被测定的概率，m为所测定的碱基数与基因组大小相比的倍数。m越大P值越小。当m值达到5（即随机测定的碱基数达到基因组5倍时），基因组中未测定的碱基数为基因组总碱基数的0.67%(e-5=0.0067)。对流感嗜血杆菌这样大的基因组(1.83Mb)，可能留有128个平均长度为100bp的缺口。

 

全基因组鸟枪法测序的主要步骤

 

，建立高度随机、插入片段大小为2kb左右的基因组文库。克隆数要达到一定数量，即经末端测序的克隆片段的碱基总数应达到基因组5倍以上。

第二，GX、大规模的末端测序。对文库中每一个克隆，进行两端测序，TIGR在完成流感嗜血杆菌的基因组时，使用了14台测序仪，用三个月时间完成了必需的28,463个测序反应，测序总长度达6倍基因组。

第三，序列集合。TIGR发展了新的软件，修改了序列集合规则以限度地排除错误的连锁匹配。

第四，填补缺口。有两种待填补的缺口，一是没有相应模板DNA的物理缺口，二是有模板DNA但未测序的序列缺口。他们建立了插入片段为15-20kb的λ文库以备缺口填补。

 

对鸟枪法的改进

 

(1) Clone contig法。首先用稀有内切酶把待测基因组降解为数百kb以上的片段，再分别测序。

(2) 靶标鸟枪法(direted shotgun)。首先根据染色体上已知基因和标记的位置来确定部分DNA片段的相对位置，再逐步缩小各片段之间的缺口。

赛拓生物科技有限公司拥有一套完善的鸟枪法测序平台，我们为您提供：

※BAC/FOSMID/COSMID的测序

※细胞器DNA测序，包括叶绿体、线粒体等

※病毒基因组DNA测序

 

我们的特点：

 

※快速：成熟的实验流程，确保您在Z短时间内拿到数据；

※可靠： 8-10倍覆盖率，Phred-20质量标准，全长准确率大于99.99%；

※JZ：强大的序列拼装能力，认真负责的态度，保证结果正确拼装；

目前，已有数个实验室以我们的数据为依据发表了文献

※零Gap：出色的Gap-closing能力，真正的全长测序！

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