双向电泳是目前为止Z有效、使用Z多的蛋白分离方法。
相电泳为蛋白等电聚焦（IEF）, 它使蛋白质依各自等电点的不同进行分离；第二相电泳为十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE), 它使蛋白质依各自相对分子量的不同进行分离。
＊DIGE系统
传统的差异蛋白质组学是在双向电泳后用考麻斯亮蓝、银离子或荧光染料等将蛋白斑点染色，然后比较差异；
Differential In Gel Electrophoresis（DIGE）是用Cy2、Cy3、Cy5等灵敏的荧光染料预先标记好蛋白，然后混合起来在一张凝胶上做双向电泳，用不同波长扫描得到相应的电泳图谱。具有灵敏性高、线性范围宽、重复性好、与质谱兼容好等优势。
质谱检测
＊敏芯科技SELDI平台
SELDI蛋白质芯片可直接检测不经处理的尿液、血清、脑脊液、关节腔滑液、支气管洗出液、细胞裂解液和各种分泌物等，从而检测未知蛋白，因此较广泛的应用于肿瘤特异性标志物的筛选。
＊敏芯科技MELDI平台
以多肽质量/电荷比为依据同数据库资料进行比较进而对蛋白进行鉴定, 此法通常被称为多肽质量指纹分析
检测结果通过分析软件处理可获得样品中各种蛋白质的信息如分子量、含量等，并进行差异性分析，从而寻找有意义的标志物或质谱图谱。分析方案请参见www.sensichip.com.cn
数据分析
＊分析步骤：
一、对双向电泳得到的可辨认的蛋白点进行识别和比对；
二、计算不同组织中被标记的相应蛋白点的光密度；
三、统计所有存在差异的蛋白点；
四、通过MASCOT数据库检索来确定蛋白点所对应的基因；
＊DIGE 2-D分析方案
一、层次聚类分析
二、Gene ontology分析
三、 network分析
四、Pathway enrichment分析
