大分子相互作用蛋白鉴定是深入理解目标分子作用机制的基础。包括DNA、RNA和蛋白质互相作用蛋白。一般研究策略包括Pull-down实验，免疫共沉淀（Co-IP）和串联亲和纯化（Tandem affinity purification，TAP）等。
Pull-down assay又叫做大分子体外结合实验。其基本原理是将靶分子固化在一定载体上（比如磁珠，亲和树脂等）, 充当一种“诱饵分子”, 与蛋白提取液混合, 可从中捕获与之相互作用的“捕获蛋白”, 洗脱结合物后通过质谱鉴定分析。
免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation）是以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的用于研究蛋白质相互作用的经典方法。 是确定两种蛋白质在完整细胞内生理性相互作用的有效方法。 细胞在非变性条件下被裂解时，细胞内存在的许多蛋白质－蛋白质间的相互作用被保留了下来。当用预先固化在argarose beads或者magnetic beads上的蛋白质A的抗体免疫沉淀A蛋白，那么与A蛋白在体内结合的蛋白质B也能一起沉淀下来。洗脱结合物后通过质谱鉴定分析。
TAP技术经过2步亲和纯化，可以有效减少非特异蛋白的结合。首先构建含有目的基因的载体，使目的基因与2个不同的表位标签融合表达，如Flag、HA、His、CBP、SBP等等。然后载体转染细胞并表达融合蛋白。细胞裂解提取总蛋白，通过anti-标签树脂的两步纯化和洗脱，的洗脱物通过质谱鉴定分析。
质谱鉴定实验流程(胶内酶解或溶液内酶解) 1：胶内酶解 2：溶液内酶解 使用仪器 Thermo Scientific Q Exactive （高分辨质谱）
技术优势 适合中度复杂的蛋白质样品， 如相互作用的蛋白质条带和洗脱液； 高准确性， 高灵敏度。
实验报告内容 1、相互作用蛋白质谱鉴定结果（excel 列表）；
2、完整的实验步骤、使用仪器、试剂来源、软件检索参数等。
样品要求 | 样品 | 样品要求 |
| SDS-PAGE条带 | 考染，条带清晰可见 |
| 蛋白质溶液 | 蛋白质总量>5μg，浓度>0.1μg/μl；
说明裂解液和洗脱液成分，浓度信息 |
实验样本预处理及运输注意事项 为保证高质量的技术服务结果，请您参照以下说明对实验样本进行处理和保存：
⊙蛋白洗脱液：定量并计算总蛋白量，真空干燥后，密封好管口，冰袋包装寄送。
⊙蛋白质条带（考染）：从凝胶上割取条带时，避免污染，将条带放入EP管内，密封好管口，冰袋包装寄送。
特别提醒：快递寄送样本运输过程中，可能晃动幅度会比较大，请做好基本运输防护措施。
注：在寄送样本时，请填写好样本登记表，随样本一同寄往本公司。
服务收费： - 2500元/样品 ( 如样品数量较多，可申请特殊优惠； 需要跑胶，另收100/样本)
- 实验周期：
| 样品数目 | 1-10个 | 11-20个 | 20个以上 |
| 实验周期 | 2 week | 3week | 4week |
参考文献：
Zhang, B., et al. (2014) Proteogenomic characterization of human colon and rectal cancer. Nature 513, 382-387
Matthew J.Rardin,et al. (2013) Label-free quantitative proteomics of the lysine acetylome in mitochondria identifies substrates of SIRT3 in metabolic pathways. PNAS vol.110, no.16, 6601-6606
