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PCR：

1、参照基因 PCR

参照基因一般选择看家基因（长表达、高表达量 的基因），常用18S、β－actin、bubulin、GAPDH，其中ACTINZ为普遍；

参照基因与目的基因在同一个管子内进行PCR反应的情况下，称之为内参；

参照基因与目的基因在不同管子内反应成为外参；

由于内参可能与目的基因竞争模板及酶，或造成其它干扰，外参的应用较为普遍。

2、目的基因PCR

典型的引物18到24个核苷长，引物需要足够长，保证序列独特性，并降低序列存在于非目的序列位点的可能性。

RT-PCR实例：

1、实验材料：拟南芥野生型Ws及突变体m1、m2花序

2、实验目的：分析m1、m2与野生型花序中G1基因的表达的差异

3、实验步骤：设计ACTIN及G1基因的引物；分别抽取野生型Ws及突变体m1、m2花序RNA，DNase I处理，以尽量去除基因组DNA；电泳检测，估计RNA总量；取1ug左右的RNA进行反转录；

取反转录好的cDNA总量的1/10（10ul反转录体积则取1ul），稀释10倍（稀释至10ul），取1/10（1ul）为模板，用ACTIN引物、普通PCR体系、20－25个循环、以基因组DNA为对照（因为引物跨内含子，所以基因组DNA扩增出的条带大小与cDNA扩增出的条带大小不同，以去除残留的基因组DNA的影响）做PCR；

取等量产物电泳，根据电泳条带的亮度调整模板量（如m1的亮度为Ws的2倍，则下次PCR时m1的模板为0.5ul），直到电泳亮度基本一致，可认为此时所取的不同体积的野生型Ws及突变体m1、m2模板里RNA的含量基本相同。

以G1基因引物，按调好的模板体积做PCR，电泳。

根据电泳条带的亮度比较野生型Ws及突变体m1、m2中G1基因的表达差异。

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