用 Progenesis、Excel 和 The Unscrambler 对 2D 凝胶进行多元分析。
3.1 确定研究方案后建立蛋白的 2D 凝胶
在本章节中不再阐述，但要确定染色方法以便进行凝胶的定量分析（见注释 1 )。
3.2 用具备透射模式扫描的扫描仪使凝胶数字化在本节中不再阐述，但要确保用高色素、高分辨率扫描图片（见注释 2 ) 并且在图像处理软件中用正确的格式保存图片（见注释 3) 。
3.3 用数据分析软件分析数字化的 2D 凝胶 2D 凝胶数字化后（图 17-1)，用图像分析软件 Progenesis 确认蛋白质点，和参考凝胶上的蛋白质点进行匹配分析。可以自动选择参考凝胶，也可选择一个特异 2D 凝胶作为参考凝胶，不能匹配的蛋白质点可归到参考凝胶中。
3.4 生成蛋白质点列表
蛋白质点检测后，可以生成相匹配的蛋白质数值列表，通常这是体积数据。这个列表可以在 Progenesis 软件的比较窗口（Comparison Window ) 找到。这个列表 ( 表 17-1) 还可以通过 Edit 菜单中的 Copy to Excel 输出到 Excel 中。标记为 1 时表示蛋白质点存在，标记为 0 时表示蛋白质点不存在。这个二元列表在某些情况下非常有用 ( 见注释 4) 。另一个非常重要的一点就是要同时对这些蛋白质点进行标记（见注释 5) ，否则数据录入到 Excel 中，将会产生这样或那样的问题（见注释 6)。
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