技术文章库
蛋白组学分析软件
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ProtParam 瑞士蛋白质专家分析系统中的子程序，适用于蛋白质序列的物理-化学参数（氨基酸、原子组成，等电点，消光系数等）
MultiIdent 瑞士蛋白质专家分析系统中的子程序，适用于通过等电点、分子量、氨基酸组成、序列标签、肽指纹数据等识别蛋白
AACompSim 瑞士蛋白质专家分析系统中的子程序，该程序将登录在Swiss-Prot数据库的蛋白质氨基酸组成与其它登录蛋白质进行对比分析
AACompIdent 瑞士蛋白质专家分析系统中的子程序，该程序用于通过氨基酸组成识别蛋白质
3D Protein Display and Sequence Analysis for the PC (UIUC) 蛋白质三维构象展示。
Align3 在微机DOS操作系统中运行的核酸、蛋白质三序列分析软件，该软件的优点在于易学、易懂，缺点是仅能进行三序列的对比分析。
ALP3——蛋白质三序列的对比分析。
AMBER 蛋白质同源模建。
蛋白质序列和三维构象分析。
ARP 处理、阐明生物大分子的电子密度图，构建、修正大分子模型。
ASC 蛋白质分子表观性质分析软件，即通过计算蛋白质分子表面性质探讨分子作用机理模式。该程序涉及：
[1]利用范德华表面或溶剂可及性表面方法探讨蛋白质截断球面性质；
[2]利用双立方格子方法数值化蛋白质表面、表面体积；
[3]计算分子组装及各组分表面能量、亲疏水性表面
BIOSIM A BIOlogically oriented neural network SIMulator
Catalyst 药物设计操作平台。简易设计分子结构模型的操作平台，提供先进的信息检索、信息分析、功能模拟访问相关的数据库，设计假设化合物及相关模型，解释构效关系；进行组化合物的结构、功能对比，设计特定药效基团；筛选特定结构化合物。
Cerius2 材料科学、化学领域的分子构效分析的操作平台。依托于UNIX图形工作站，用于构间分子模型、结构优化，进而结合组合化学数据库进行结构功能分析，借助该操作平台提供的大量的回归、分析技术，利用现有的活性数据、获得的回归方程预测、设计全新活性化合物。该操作平台为Gaussian程序提供了方便、简洁的链接，并为计算结果进行图形分析。
DELILA Sequence analysis system(NCI/FCRDC)
FLEX 3D from The Scripps Institute 蛋白质空间构象分析。
GCG 基于PC和工作站的分析蛋白质和核酸序列功能软件集合。具有支持网络操作的功能，可以完成数百种分析功能。面向分子生物学、生物信息学进行序列对比、数据库检索、进化分析、序列拼接、基因模式识别、酶切位点、PCR引物设计、蛋白质功能位点分析、蛋白质与核酸对译以及二级结构分析。
膜蛋白结构和拓扑学分析。
MolViewer Molecule viewing program for NeXT (Rice)
Quanta 蛋白质结构分析操作平台。结合Charmm力场同源模建蛋白质空间构象，预测活性位点，为蛋白质工程实验提供新的突变体；结合NMR、X-射线衍射数据进行蛋白质结构进一步修正。
SAPS Statistical Analysis of Protein Sequences (Stanford)
神经网络模拟软件。
XYLEM & FSAP Molecular database and Analysis packages (Manitoba)
