LncPath™芯片技术服务

LncPath^TM疾病/信号通路特异性LncRNA芯片特色
•  对疾病/信号通路特异性LncRNA可靠的收集
•  快速的建立LncRNA调控机制与其生物学功能之间的联系
•  图形化的展示LncRNA及其靶基因的信息
•  创新性的探针设计
•  GX、稳定的标记系统
•  可靠的芯片性能
•  聚焦于与疾病或信号通路相关的少量LncRNA和mRNA，使得数据分析流程更加快速，JZ。

对疾病/信号通路特异性LncRNA可靠的收集
    LncPath^TM芯片通过整合权威数据库，经典文献和Arraystar LncRNA数据库等资源，对疾病/信号通路特异性的LncRNA进行了全面，可靠的收集，涵盖的LncRNA主要有：1）疾病/信号通路特异性蛋白编码基因的邻近LncRNAs； 2） 疾病/信号通路特异性蛋白编码基因的长链非编码ceRNAs； 3） 已知的与特定疾病或信号通路相关的LncRNAs。

图1. LncPath^TM芯片的LncRNA收集流程。

快速的建立LncRNA调控机制与其生物学功能之间的联系
    LncPath^TM芯片可以同时检测与特定疾病或信号通路相关的LncRNA以及相应的靶基因，并且对LncRNA和靶基因的关系进行了详细的注释，能够帮助客户快速的将LncRNA的调控机制与其在特定的信号通路或疾病中的生物学功能联系起来。

图2. 通过LncPath^TM芯片建立LncRNA的调控机制与其生物学功能之间的联系。

图形化的展示LncRNA及其靶基因的信息
    LncPath^TM芯片提供LncRNA及其靶基因信息的图形化展示，通过图形化展示客户可以迅速了解LncRNA及其靶基因的关系（图3），方便后续的机制和功能研究，这些图形化展示结果都可以通过Arraystar网站免费获得。

图3. 可能调控WNT信号通路中的关键基因CCND2的LncRNAs详细信息。

创新性的探针设计
    LncPath^TM芯片采用了创新性的探针设计：针对每个LncRNA设计转录本特异的LncRNA探针，保证对LncRNA的准确检测。针对每个蛋白编码基因设计两种探针：基因探针和转录本特异性探针。基因探针用于检测基因水平的表达情况，它的信号可以用来表征邻近LncRNA或其它LncRNA通过转录调控机制对此蛋白编码基因的影响。转录本特异性探针用于检测此基因的经典转录本的表达，它的信号可以用来表征长链非编码ceRNA或其它LncRNA通过转录后调控机制对此蛋白编码基因的影响（图4）。


图4. LncRNA探针：转录本特异性探针，可以准确的检测LncRNA；基因探针：用于检测蛋白编码基因在基因水平的表达情况。它的信号可以用来表征邻近LncRNA或其它LncRNA通过转录调控机制对此蛋白编码基因的影响。转录本特异性探针：用于检测蛋白编码基因在转录本水平的表达情况。它的信号可以用来表征长链非编码ceRNA或其它LncRNA通过转录后调控机制对此蛋白编码基因的影响。

GX、稳定的标记系统
    LncPath^TM芯片采用了一种GX，灵活的标记系统（图5）。这种标记方法不但可以同时标记带PolyA尾巴和不带PolyA尾巴的转录本，还可以极大的增加低丰度RNA和降解RNA的cRNA产率，灵敏度比常规标记方法高100倍以上。

图5. GX，灵活的标记系统。

可靠的芯片性能
•  高灵敏度：能准确检测跨域5个数量级的低丰度RNA （图6）


图6. LncPath^TM芯片具有跨越超过5个数量级的检测范围。横轴代表Spike-in浓度的log值，纵轴表示Spike-in芯片信号（log2转化后）。

•  高重复性：Arraystar circRNA 芯片实验的技术重复组之间具有很好的相关性（R2>0.9）（图7）


图7. LncPath^TM芯片技术重复间的散点图。分别用同样的样品在不同两天进行芯片标记和杂交反应，并根据芯片信号做出散点图，从图中可以看出：芯片间的相关性非常高（R2>0.9），说明LncPath^TM芯片平台重复性很好，非常稳定。

LncPath^TM疾病/信号通路特异性LncRNA芯片应用思路