长链非编码RNA测序 lncRNA seq
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产品库
lncRNA测序分析技术流程图
技术参数一、样品要求
表1 样品质量判定标准
| 样品类型 | 检测方法 | 检测结果 | 判定结论 | |||
| Agilent/AGE | NanoDropTM | |||||
| 人、鼠Total RNA | Agilent | m≥10 μg | c≥200 ng/μL | 图谱基线无上抬， | N/A | Level A |
| 5 μg≤m≤10 μg | Level B | |||||
说明：
Level A：A类样品，指的是质量满足建库测序要求，且总量可以满足2次或者2次以上建库需要的样品。
Level B：B类样品，指的是质量满足建库测序要求，且总量可以满足1次但不足2次建库需要的样品。
二、项目运转周期
标准流程的运转周期约为60个工作日（20对以上样本需额外增加时间）。
三、项目合格指标
产生不低于合同规定的clean data。
2. 定制化信息分析（需要mRNA表达量数据，并且需要根据样本数量等进行评估）
1）CNC（coding-non-coding）共表达注释；
2）Pathway富集分析；
3）结合客户的需求，协商定制其它定制化信息分析内容。
样品要求
1）样品类型：细胞、新鲜组织或RNA样品。
2）样品量：细胞样品请提供至少1×10^7个细胞，组织样品请提供至少300mg的组织块或切片，RNA样品请提供10 μg以上的总RNA。
3）样品质量：RNA无明显降解，提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间，浓度≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥ 7。
4）样品保存：细胞样品或新鲜组织块（切成~50mg的小块）可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后，-80℃保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。
5）样品运输：样品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰运输。
应用案例:
Ren S. et al. RNA-Seq analysis of prostate cancer in the Chinese population identifies recurrent gene fusions, cancer-associated long noncoding RNAs and aberrant alternative splicing. Cell research. 2012, 1-16.
案例描述
通过RNA-Seq技术对14个ZG前列腺癌病人的转录组进行全面分析，结果发现基因融合，长非编码RNA，可变剪切以及体突变在不同病人中差异很大。
lncRNA相关研究成果展示
通过对14对样本的非编码RNA进行分析，在每个样本中平均发现了1599个已知的长非编码RNA。通过肿瘤样本和正常对照样本进行分析，发现了406个有差异表达的长非编码RNA。此研究找到了ZG人群特异的融合基因，同时还鉴定了大量的差异表达的lncRNA（图1和图2），通过对lncRNA和基因表达的关系分析显示，lncRNA有可能有转录调控之外的其他功能（图2）。
参考文献
[1] The GENCODE v7 catalog of human long noncoding RNAs: Analysis of their gene structure, evolution, and expression. Genome Res. 2012 22: 1775-1789.
[2] A long noncoding RNA regulates photoperiod-sensitive male sterility, an essential component of hybrid rice. PNAS, 2012, 109:2654-2659
