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高通量简化基因组测序

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  • 简化基因组测序
    简介:简化基因组测序(Reduced-Representation Genome Sequencing, RRGS)顾名思义是对部分基因组进行序列测定。它是指利用RAD测序和生物信息学方法,设计标记开发方案,富集特异性长度片段,应用高通量测序技术获得海量标签序列来代表目标物种全基因组信息的测序方法。

    一、技术路线
     

    推荐平台:Illumina HiSeq 2000
     
     
    二、信息分析
    1)未知参考基因组的信息分析流程
    1.原始数据整理、过滤及质量评估
     
    2.标记位点分析:
     标记位点鉴定
     SNPs位点鉴定
     
    3.应用分析:
     SNP单体型图谱分析
     全基因组关联分析(GWAS)
     连锁分析和QTL定位
     种群进化分析
     
    4.根据客户需求进行个性化分析
     
     
     2)已知参考基因组的信息分析流程   
    1.原始数据整理、过滤及质量评估
     
    2.标记位点分析:
     标记位点在基因组上定位
     标记位点鉴定
     SNPs位点鉴定
     
    3.应用分析:
     SNP单体型图谱分析
     全基因组关联分析(GWAS)
     连锁分析和QTL定位
     种群进化分析
     
    4.根据客户需求进行个性化分析
     
    三、送样要求
    1、 动物组织样品:要求新鲜动物组织,避免脂肪组织,每个样品重量>10 g。
     
    2、 血液样品:每份新鲜血液样本的体积>5 mL。
     
    3、 植物样品:要求新鲜较嫩的叶片组织,每个样品重量>10 g,干冰或者液氮保存寄送。
     
    4、 DNA样品:请提供浓度>100 ng/μl,总量>20 μg的DNA,OD 260/280介于1.8~2.0之间,并确保DNA无降解。
     
    5、 样品保存期间切忌反复冻融。
     
    6、 送样管务必标清样品编号,管口使用Parafilm 膜密封。

     
    四、优势
    基于简化基因组深度测序技术的基因定位策略具有通量高、成本低、周期短、准确率高等优点,派森诺生物为合作伙伴量身定制的标记开发方案,能够满足分子标记在密度、特异性、均匀性、准确性等方面的要求,从而绘制出多态性图谱、遗传图谱、单体型图谱及关联型图谱,在分子育种、种质资源鉴定及系统进化等领域具有广泛的应用前景。
     
    派森诺生物拥有一支教授带领的信息分析团队,为您的基因组做出Z精简的测序方案,提供优质GX的服务。
     
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