有参考基因组的转录组测序
简介：目前转录组测序是指利用第二代高通量测序技术进行cDNA测序，全面快速地获取某一物种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本。在真核生物中mRNA具有poly A的结构，因此可直接利用oligo dT将mRNA纯化出来；而在原核生物中，mRNA并不像真核生物的mRNA那样具有poly A的结构，因此无法直接利用oligo dT将mRNA纯化出来，而是通过有效去除rRNA的方式来提升原核生物mRNA的量，从而用于后续的高通量建库和测序。
推荐平台：Illumina MiSeq、Illumina HiSeq 2000和Ion Proton
对于有参考基因组的转录组测序，派森诺生物利用Illumina MiSeq、Illumina HiSeq 2000和Ion Proton 三个测序平台为您提供测序服务。其中MiSeq平台是小型化测序仪的代表，一个测序循环只要5分钟，追求的是GX率，可以为您节省项目时间，同时它具体较长的读长，这种读长上的优势使得转录本结构研究和结构变异的研究更加准确和可靠。Illumina HiSeq 2000平台追求的是高通量，单次测序获得的数据量大，这样能够得到更高的覆盖率，检测到更多低丰度的转录本，在已知基因组序列物种的转录组分析中更具优势，但是测序所需时间较长。Ion proton平台追求的是Z快的速度，测序运行时间很短，通常10 G的数据量只需要2-4 h，而且手动操作时间更短，emPCR和回收相对Roche 454 FLX+平台，从试剂和操作实验都很简易，实现了自动化操作，减少了人为的干预。数据通量可达10 G，比HiSeq2000低，这样既能满足数据量又不用凑样，数据成本相对Miseq和Roche 454 FLX+较低，所需实验周期很短。
标准信息分析
1、原始数据整理、过滤及质量评估
2、转录组测序分析
2.1 与参考基因组比对
2.2 蛋白编码基因的表达量分析
2.3 蛋白编码基因的表达量差异分析(样本数≥2)
2.4 基因的分类分析
2.5 差异表达基因的富集分析(GO、KEGG)(样本数≥2)
2.6 差异表达基因的聚类分析(热图)(样本数≥3)
高级信息分析
1、可变剪切分析(仅真核生物)
2、UTR分析(仅真核生物)
3、新转录位点预测(仅真核生物)
4、cSNP分析
根据客户需求进行个性化分析
1. 总RNA：针对Ion proton测序平台，浓度≥100 ng/ul，要求总量≥1 μg；针对Illumina测序平台，浓度≥80 ng/ul，总量≥12 μg；OD260/280介于1.8-2.2之间，OD260/230值应≥2.0。电泳检测28S:18S至少大于1.5；并确保RNA无降解，无污染；或提供浓度≥50 ng/μl，总量≥500 ng的mRNA，同时，提供质量检测相关数据和图片，包括分光光度计、电泳胶图或Nanodrop仪器检测数据，不建议提供mRNA，较难定量。
2. 组织样品：动物、植物、微生物总量大于500 mg的新鲜样品(植物材料应尽量选取幼嫩部位)。采样后将样品立即用RNAlater和液氮速冻，保存于-80℃(保存期不超过一个月)，送样时使用干冰运输(不超过72 h)；提取RNA后经变性电泳，保证各RNA条带清晰、比例适中、完整性好、无降解。特别要求样品分成3份，方便后续提取，避免同一份样品反复冻融造成样品降解。
3. 细胞样品：先使用TRIzol试剂进行处理，每0.25 mL样品(5-10×106个细胞)加入0.75 mL TRIzol试剂(可参考TRIzol试剂说明书)，于-80℃保存，并提供2-3份该样品。原则上不接收未经TRIzol处理的细胞样品。
4. 样品保存期间切忌反复冻融。
5. 送样管务必标清样品编号，管口使用Parafilm膜密封。
★ 拥有标准化操作实验室和高通量测序技术平台，实验周期短，质量可靠。
★ 技术人员经验丰富，可以根据合作伙伴要求提供实验方案、解决实验问题、分析实验结果。
★ 拥有适合有参考基因组的转录组测序的Illumina HiSeq 2000和Illumina MiSeq等高通量测序平台。
★ 拥有专业的生物信息团队和完整的生物信息分析服务体系，除提供标准化生物信息服务外，还可以为合作伙伴提供个性化的生物信息分析服务。
★ 拥有标准的、实时更新的项目进展流程，有助于合作伙伴及时了解项目进展情况。
