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用大肠杆菌 DNA 聚合酶 I Klenow 片段进行双脱氧测序实验

当 Sanger 及其同事建立DY个 DNA 链终止延伸法时,只有一种合适的 DNA 聚合酶可用,即大肠杆菌 DNA 聚合酶 I Klenow 片段。它具有在模板存在时聚合 dNTP 的活性,但缺乏完整聚合酶 I 的 5'-3'外切酶活性。本实验来源于分子克隆实验指南(第三版)下册,作者:〔美〕J. 萨姆布鲁克 D.W. 拉塞尔。



试剂、试剂盒

dATP去离子蒸馏水EDTA延伸 终止混合液和示踪混合液甲酰胺上样缓冲液Tris-Cl酶和缓冲液大肠杆菌 DNA 聚合酶ⅠKienow 片段核酸和寡聚核苷酸寡核苷酸引物单链 DNA 模板放射性化合物

仪器、耗材

离心机和转头微量离心管或微量滴定板

实验步骤

材料
缓冲液和溶液
试剂、缓冲液,储液的组成参见附录 1, 储液使用前稀释到适当浓度。
dATP(0.1 mmol/L)



这些反应混合液可通过混合 dNTP 和 ddNTP 储液制备,参见表 12-7。
甲酰胺上样缓冲液
TM 缓冲液
50 mmol/LMgCl2
Tris-Cl(1mol/L,pH8.0)
酶和缓冲液
大肠杆菌 DNA 聚合酶ⅠKienow 片段(5u/ul)



浓度约为 0.5pmol/ul(约 3.3ng/ul), 溶于水中。

浓度约 0.05pmol/ul, 相当于约 0.15ug/ul 的 M13 噬菌体单链 DNA。

[a-32P]dATP(3000Ci/mmol,10mCi/ml) 或
[a-35S]dATF(1000Ci/mmol,10mCi/ml) 或









寡核苷酸引物(1ug/ml, 约 160pmol/m])                    4ul




Klenow 酶(约 2.5 单位)                                                    1ul




在室温至 37°C 温度范围内.Klenow 酶都能很好地催化延伸/终止反应和示踪反应。
7. 溫育后,沿每一个 C、T、A、G 管或孔壁加入 1ul 的示踪液。总共温育 10~12 min 后,离心 2s, 使示踪液混入到延伸/终止反应液中。再在室温下温育 10~12 min。
8. 第二次温育 9~11 min 后,沿每一个 C、T、A、G 管或孔壁加入 6ul 甲酰胺上样缓冲液。不要让溶液滑入聚合反应液中。温育结束,离心微量离心管或微量滴定板终止测序反应。
9. 反应物在-20°C 时可最多保存 5 天,也可以用变凝胶电泳直接分析见方案 8、9 或 10、11 和 12)。热变性后(100°C,2 min), 在冰上快速冷却。取 C、T、A 和 G 反应物各 3ul 加入测序凝胶各孔中。


2016-03-25
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