Chromium™系统-单细胞转录组测序

Chromium™系统-单细胞转录组测序服务

单细胞转录组测序（Single cell RNA sequencing）是在单个细胞水平对mRNA进行高通量测序的一项新技术，除了对单个细胞进行信息挖掘外，也可利用自动化平台来完成细胞图谱的绘制，实现大量细胞的分群。在众多平台中，10x Genomics ChromiumTM平台可谓是自动化完成大规模单细胞研究中的佼佼者，其技术核心是含有75万种Barcode的油滴包裹的凝胶珠（GEM）。2018年至今，利用该平台研究单细胞转录组就已发表30余篇文章，囊括了Cell、Nature、Science等国际刊物。中康博生物现推出基于ChromiumTM_10X系统平台的单细胞转录组测序服务！

项目流程

1. 细胞浓度500-2000个/μl；体积＞200μl；细胞总数＞10^5。
2. 细胞不成团，少碎片，存活率>90％，无逆转录YZ剂。
3. 在10分钟内自动完成多至80,000个细胞的捕获；GEM形成后，细胞裂解，凝胶珠释放Barcode序列；mRNA逆转录产生带有Barcode和UMI信息的cDNA；以cDNA为模板进行PCR扩增，建库、测序。
4. 数据分析，此时Barcode标记细胞，UMI标记转录本并用于后续定量。
 
项目优势

样品收集Easy！Fast！：细胞悬液样本即制即取，无需冻存，专人现场完成细胞计数；
检测通量High：一次性可完成500–10000个单细胞的表达谱检测，110G/Lane；
检测平台New：10 X Genomics或NovaSeq；
捕获效率High：10min内处理100-80,000个细胞，细胞捕获率高达65%；
平台兼容High：与Illumina测序平台高度兼容（HiSeq4000/2500/NextSeq/MiSeq）
 
项目分析



部分结果展示：

左：有效细胞评估图及测序饱和曲线图
中：细胞分群图（不同颜色代表不同亚群，右侧图例为亚群名称与对应的亚群颜色）
右：细胞分群相关性图（Color Key由pearson相关系数确定，颜色越深，亚群相关性越大）

左：细胞亚群top20基因聚类热图（每列为1个基因，每行为1个Cluster）
右：细胞亚群top20基因表达热图（首图不同颜色代表不同cluster的细胞；其它图为某一亚群的top20基因在所有细胞中的表达热图）
 
样品要求：细胞浓度500-2000个/μl；体积＞200μl；细胞总数＞10^5。

取样事宜：提前沟通取样时间，客户当天制备细胞悬液后，无需冻存，当天公司有专人带仪器过去取样，现场进行细胞计数，若样本合格即时取回。