微卫星(STR/SSR)分析实验服务

实验技术简介：微卫星标记（Microsatellite）也称为短串联重复序 列（STR）或简单重复序列（SSR），是广泛分布在真核生物基因组中的简单重复序列。微卫星位点通常通过PCR扩增和电泳检测，并根据片段大小分离等位 基因进行分析；扩增后的等位微卫星可以用多种方法检测，传统方法采用聚C₃H₅NO凝胶电泳加放射显影或银染的方法，费时费力效率低。

实验操作流程：
１、SSR引物开发
通过富集微卫星序列，开发出20-30条具有一定重复特征的微卫星序列，并且对序列进行多态性和特异性验证。
２、引物筛选
选取部分代表性样本，利用普通引物进行PCR扩增，然后利用高分辨率芯片电泳或PAGE验证引物的特异性、扩增效率和基因座多态性等信息。
３、样本批量扩增
用带有荧光标记（FAM／HEX／TMR／ROX等）的引物，对批量样本进行PCR扩增。我公司拥有高通量PCR仪平台，可以满足大量样本扩增需求。
４、测序仪检测
带有荧光标记的PCR产物进行稀释后与分子量内标混合，用3730xl等测序仪进行毛细管电泳，并得到原始数据（。
５、原始数据分析
编制panel和bin等文件，使用正版GeneMapper v4.0软件分析测序仪得到的fsa文件，并生成PDF图谱和Excel文档（包括size、基因分型等信息），分析后的电泳图谱。
６、群体遗传学分析
利用生物信息学软件（POPGENE、MEGA、PHYLIP、ARLEQUIN等）对上述数据进行进一步分析，绘制遗传连锁图谱、分析连锁不平衡和分析多态性等。

 

实验注意事项：
客户提供：
 细胞（≥10⁶ ）、组织（≥300mg）、血液（≥1ml）、基因组DNA（≥20μl，浓度≥ 50ng/μl
交付标准：
引物、微卫星分析的原始数据以及GeneMapper生成的PDF图谱、包含片段长度等信息的Excel文档和进一步的分析结果等。