简介 超级增强子lncRNA（SE-lncRNA）是一类由超级增强子区域转录而来的lncRNA。该lncRNA与超级增强子一起，调控特定细胞谱系发育和身份决定过程中的基因表达。SE-lncRNA与多种疾病有关，许多病理性表型都伴随着SE-lncRNA表达水平的显著变化[1-3]。SE-lncRNA表达水平检测对于研究超级增强子活性、功能机制和疾病相关性都十分必需。Arraystar公司开发了市场上SE-lncRNA芯片，可同时对SE-lncRNA以及受其调控的编码基因进行全面、系统的表达检测。Arraystar SE-lncRNA芯片目前包含人和小鼠两个版本。康成生物是ArraystarZG区WY代理商，为您提供Arraystar公司超级增强子lncRNA芯片全程一站式技术服务。您只需要提供保存完好的组织或细胞标本，康成的芯片技术服务人员就可为您完成全部实验操作，并提供完整的实验报告。同时，根据您的研究需要，康成还提供各种深入数据挖掘服务。 | 服务 | 芯片 | 货号 | 规格 | 描述 |
| Human SE-lncRNA 芯片服务 | Arraystar Human SE-lncRNA Microarray | AS-S-SE-H | 8 * 15K | SE-lncRNAs (7753）+ mRNAs (7040) |
| Mouse SE-lncRNA芯片服务 | Arraystar Mouse SE-lncRNA Microarray | AS-S-SE-M | 8 * 15K | SE-lncRNAs (8222) + mRNAs (6385) |
参考文献1. Bradner JE, Hnisz D, Young RA: Transcriptional Addiction in Cancer. Cell 2017, 168(4):629-643.[PMID: 28187285]
2. Alvarez-Dominguez JR, Knoll M, Gromatzky AA, Lodish HF: The Super-Enhancer-Derived alncRNA-EC7/Bloodlinc Potentiates Red Blood Cell Development in trans. Cell Rep 2017, 19(12):2503-2514.[PMID: 28636939]
3. Xiang JF et al: Human colorectal cancer-specific CCAT1-L lncRNA regulates long-range chromatin interactions at the MYC locus. Cell Res 2014, 24(5):513-531.[PMID: 24662484]
4. Vucicevic D et al: Long ncRNA expression associates with tissue-specific enhancers. Cell Cycle 2015, 14(2):253-260.[PMID: 25607649]
5. Hon CC et al: An atlas of human long non-coding RNAs with accurate 5' ends. Nature 2017, 543(7644):199-204.[PMID: 28241135]
6. Soibam B: Super-lncRNAs: identification of lncRNAs that target super-enhancers via RNA:DNA:DNA triplex formation. RNA 2017, 23(11):1729-1742.[PMID: 28839111]
芯片特点强大而可靠的SE-lncRNA收集与鉴定方法 - lncRNA信息来自Arraystar公司所专有的高质量的转录组与lncRNA数据库
- 收集整理了Refseq, UCSC knownGene, GENCODE, lncRNAdb, RNAdb, NRED和lncRNA Catalogs等权威数据库中的lncRNA
- 收集了注释完善、经过实验验证和有Pubmed索引的“金标准”lncRNA
- 手动收集了权威期刊上新出现的lncRNA
- 超级增强子区域信息来自dbSUPER数据库
- Mapping到超级增强子区域的lncRNA被鉴定为SE-lncRNA
图1. Arraystar SE-lncRNA芯片内容收集流程图。一块芯片同时检测SE-lncRNA及其靶基因的表达水平，可直观、精确的找到二者之间的调控关系针对特定的外显子或剪接区域设计探针，特异性的区分SE-lncRNA的不同isoform（图2）；灵敏度高，可检测到细胞中的单拷贝转录本
图 2. 探针#2可特异性的检测isoform CCAT1-L。提供超级增强子、超级增强子lncRNA与其靶基因的详尽注释信息
图 3. SE-lncRNA注释信息示例。GX的标记方法保证了SE-lncRNA定量检测的高灵敏度和高精确性 超级增强子一般具有稳定性差、半衰期短的特点。它们能以极低的拷贝数发挥顺式作用，激活靶基因的表达。比如，SE-lncRNA HOTTIP可激活HOXA基因簇，其在细胞中的平均拷贝数少于1。
为了精确地检测这些瞬时、低水平的SE-lncRNA，Arraystar科学家开发了一套GX的线性扩增方法，能够为多聚腺苷化或非多聚腺苷化的转录本产生足量的荧光标记cRNA。在此过程中，将分别携带有T7聚合酶启动子序列的oligo(dT)和随机引物以ZY的比例混合，与RNA一起退火，合成cDNADY链，随后与5’接头一起退火，合成双链cDNA，然后进行PCR扩增。ZH，由T7 RNA聚合酶进行体外转录，合成带有Cy3或Cy5标记的cRNA（图6）。
该标记方法极大的增加了低丰度或降解RNA分子的cRNA产物，比传统方法提高了100多倍。
图6. Arraystar公司 cRNA标记流程。(1) cDNADY链合成与5’接头退火。 以携带有T7聚合酶启动子序列的oligo(dT)和随机引物混合物为反转引物，合成cDNADY链，并与5’接头退火，合成cDNA第二链。(2) PCR扩增。使用RT引物和5’接头对双链cDNA进行低循环数的PCR扩增。(3) 体外转录和标记反义RNA (aRNA)。以Cy3或Cy5标记的核苷酸为底物，双链cDNA为模板，使用T7 RNA聚合酶进行体外转录，合成带有荧光标记的反义RNA。线性扩增保留了原始转录本的相对水平和完整序列，且无3’偏好性。
数据库人SE-lncRNA芯片参数 | 探针总数 | 14873 |
| 探针长度 | 60 nt |
| 探针挑选策略 | 挑选针对SE-lncRNA特异外显子或剪接位点的探针 |
| 探针特异性 | 转录本特异性 |
| 标记方法 | 使用GX的线性扩增方法来产生荧光标记的cRNA，灵敏检测低拷贝转录本 |
| SE-lncRNAs & Super-lncRNAs检测数目 | 7753 |
| SE-lncRNAs靶基因检测数目 | 7040 |
| SE-lncRNAs来源 | - 从Arraystar专有的转录组数据库挑选“金标准”lncRNA和可靠性高的lncRNA，然后与dbSUPER数据库中的超级增强子区域进行匹配。与超级增强子区域重叠的lncRNA被鉴定为SE-lncRNA。
- 从文献[4, 5]收集增强子lncRNA，若该增强子位于超级增强子区，则被认为是SE-lncRNA。
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| Super-lncRNAs 来源 | Super-lncRNA是指与超级增强子区域形成RNA:DNA:DNA三螺旋的lncRNA，可招募调控因子至超级增强子区，从而影响染色体结构，并作为空间放大器，促进超级增强子相关的组织特异性基因表达。主要收集于文献[6]。 |
| SE-lncRNA靶基因来源 | 与SE-lncRNA基因组位置重叠或在其转录起始位点50 Kb以内的Refseq基因被收集为SE-lncRNA靶基因。这些基因还包含了来自TF checkpoint数据库中的3153个转录因子基因与来自Bushman Lab数据库中的1448个癌症相关基因。 |
| 芯片规格 | 8 * 15K |
图4. Arraystar公司人SE-lncRNA芯片内容。小鼠SE-lncRNA芯片参数 | 探针总数 | 14637 |
| 探针长度 | 60 nt |
| 探针挑选策略 | 挑选针对SE-lncRNA特异外显子或剪接位点的探针 |
| 探针特异性 | 转录本特异性 |
| 标记方法 | 使用GX的线性扩增方法来产生荧光标记的cRNA，灵敏检测低拷贝转录本 |
| SE-lncRNAs检测数目 | 8222 |
| SE-lncRNAs靶基因检测数目 | 6385 |
| SE-lncRNAs来源 | 从Arraystar专有的转录组数据库挑选“金标准”lncRNA和可靠性高的lncRNA，然后与dbSUPER数据库中的超级增强子区域进行匹配。与超级增强子区域重叠的lncRNA被鉴定为SE-lncRNA。 |
| SE-lncRNA靶基因来源 | 与SE-lncRNA基因组位置重叠或在其转录起始位点50 Kb以内的Refseq基因被收集为SE-lncRNA靶基因。这些基因还包含了来自TF checkpoint数据库中的2883个转录因子基因与来自SBCDDB数据库中的593个癌症相关基因。 |
| 芯片规格 | 8 * 15K |
图5. Arraystar公司小鼠 SE-lncRNA 芯片内容。实验流程1.样品总RNA抽提 若实验对象为组织样品，取适量（50-100mg）新鲜组织样品或正确保存的组织样品，加1ml的RNA抽提试剂Trizol（Invitrogen），匀浆后抽提RNA。
若实验对象为细胞样品，每份样品取1×106~1×107细胞，完全吸去培养液后加1ml的RNA抽提试剂Trizol（Invitrogen），裂解后抽提RNA。
2. RNA质量检测 使用Nanodrop测定RNA在分光光度计260nm、280nm和230nm的吸收值，以计算浓度并评估纯度。
使用甲醛变性琼脂糖凝胶电泳检测RNA纯度及完整性
3. cDNA样品合成和cRNA标记4.标记效率质量检测 使用Nanodrop检测荧光标记效率，以保证后续芯片实验结果的可靠性。
5.芯片杂交 在标准条件下将标记好的探针和高密度芯片进行杂交。
6.图像采集和数据分析 使用GenePix 4000B芯片扫描仪扫描芯片的荧光强度，并将实验结果转换成数字型数据保存，使用配套软件对原始数据进行分析运算。
7.提供实验报告 芯片扫描图
实验方法中英文报告
RNA质检报告
芯片数据结果报告，包括差异表达SE-LncRNA列表，差异表达基因列表
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