染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术，能够GX地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。ChIP-Seq的原理是通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建，然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。
一、技术路线和方法：
二、生物信息学分析2.1 基本数据分析
Part01：测序数据质量评估
Part02：reads比对到基因组
Part03：peak查找
Part04：peak全基因组定位
Part05：peak在基因组repeat区域上的统计分析
Part06：peak与Tss等位点距离分析
Part07：peak附近区域序列提取及motif分析
2.2 高级数据分析
Part08：peak所在基因的COG/KOG功能分类（对植物）
Part09：peak所在基因的GO功能分类
Part10：peak所在基因Pathway分析
Part11：peak所在基因互作网络构建
Part12：差异分析（对双通道）
三、二代测序平台 | Illumina平台 | 测序平台 | 模式 | 数据量 | 一个lane样品数 | 货号 |
| ChIP-seq | Hiseq2000 | 1×50 | 3-4M reads | 12 | BT2000411 |
| ChIP-seq | Hiseq2000 | 1×50 | 20-30M reads | 2 | BT2000412 |
| ChIP-seq | GAII | 1×60 | 8Mreads | 4 | BT2000413 |
