miRNA芯片全面解决方案

microRNAs(miRNAs)是一种大小约21—23个碱基的单链小分子RNA，是由具有发夹结构的约70—90个碱基大小的单链RNA前体经过Dicer酶加工后生成，不同于siRNA（双链）但是和siRNA密切相关。microRNA通过和靶基因mRNA碱基配对引导沉默复合体（RISC）降解mRNA或YZmRNA的翻译，从而在转录后水平调控蛋白表达（发现microRNA也能在转录水平调控基因表达）。microRNA在物种进化中相当保守，在动物、植物和真菌等中发现的microRNAs表达均有严格的组织特异性和时序性。microRNA在细胞生长和发育过程中起多种作用，包括调控发育、分化、凋亡和增殖等。
一、技术路线和方法：


二、生物信息学分析
2.1 基本数据分析
Part01：原始数据预处理与均一化
Part02：差异microRNA筛选
Part03：聚类分析（层次聚类、K-means聚类）
Part04：差异microRNA靶基因预测（或与mRNA芯片关联分析）
Part05：靶基因GO分类
Part06：靶基因Pathway分析
2.2 高级数据分析
Part08：差异microRNA转录因子结合位点分析（或与转录因子芯片关联分析）
Part09：差异microRNA与靶基因调控网络
Part10：转录因子、microRNA、靶基因互作网络
Part11：差异microRNA调解效应评分分析
三、芯片平台

芯片平台 （Human）	型号	miRNA数量	规格	货号
Agilent	Agilent Human miRNA芯片V18.0	1523条人miRNA	8×60K	BT1000212
		364条人病毒miRNA
Agilent	Agilent Human miRNA芯片V16.0	1205条人miRNA	8×60K	BT1000215
		142条人病毒miRNA
Affymetrix	GeneChip®miRNA3.0V17芯片	19931（成熟miRNA）2999（人，大小鼠前体）	1×	BT1000211
LC	µParaflo® Microfluidic Biochip Technology18.0	1898条	1×	BT1000213
华联	人类miRNA 芯片v4(18.0)	1921(1884条探针)	1×	BT1000214

 

芯片平台 （Mouse）	型号	miRNA数量	规格	货号
Agilent	Agilent Mouse miRNA芯片V18.0	1122条小鼠miRNA	8×60K	BT1000222
		57条小鼠病毒miRNA
Affymetrix	GeneChip®miRNA3.0V17芯片	19931（成熟miRNA）2999（人，大小鼠前体）	1×	BT1000221
LC	µParaflo® Microfluidic Biochip Technology20.0	1908条	1×	BT1000223
华联	小鼠&大鼠miRNA 芯片v5(19.0)	小鼠1265条	1×(468探针共有)	BT1000224
		大鼠722条

 

芯片平台 （RAT）	型号	miRNA数量	规格	货号
Agilent	Agilent Rat miRNA芯片V18.0	677条	8×15K	BT1000232
Affymetrix	GeneChip®miRNA3.0V17芯片	19931（成熟miRNA）2999（人，大小鼠前体）	1×	BT1000231
LC	µParaflo® Microfluidic Biochip Technology20.0	728条	1×	BT1000233
华联	小鼠&大鼠miRNA 芯片v5(19.0)	小鼠1265条	1×(468探针共有)	BT1000234
		大鼠722条

注：其他物种芯片请联系公司销售工程师

四、完成时间
2个月，（其中生物信息分析1个月）
所有版权及解释权归BIOTREE公司所有！