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全基因组甲基化测序

产品信息
  • 对于DNA甲基化的检测,目前采用:甲基化DNA富集并结合高通量测序(MBD-Seq, Methylated DNA Binding Domain-Sequencing)的方法。MBD-Seq的原理是:由于在哺乳动物中甲基化一般发生在CpG的胞嘧啶5位碳原子上,所以可通过特异性结合甲基化DNA的蛋白MBD2b或5’-甲基胞嘧啶抗体富集高甲基化的DNA片段,并结合第二代高通量测序,对富集到的DNA片段进行测序,从而检测全基因组范围内的甲基化位点。

    生物信息分析

    DSAM-01

    测序质量评估(QC)

    DSAM-02

    MBD-Seq序列与参考序列比对

    DSAM-03

    MBD-Seq序列比对的甲基化信息概况

    DSAM-04

    Peak calling

    DSAM-05

    Peak在基因上、基因间区的分布情况

    DSAM-06

    Peak在基因组区域富集程度统计

    DSAM-07

    Peak在基因组区域富集程度统计

    DSAM-08

    Peak区域功能注释和富集度分析

    其他  

     

    样品要求:

    1) 样品质量:OD 260/280值应在1.8~2.0 之间;无RNA污染。无降解(在琼脂糖电泳中,DNA的片段在23kb 的Hind III 酶切的lamda phage DNA的片段之后靠近电源的负极).

    2) 样品浓度:浓度不低于50ng/µl。

    3) 样品总量:每个样品总量不少于15µg。

    4) 样品溶剂:要溶解在无菌的10 mM TirsHCl, 1mM EDTAE (pH 8.0)溶液中。经过65C 10分钟处理(将可能存在的DNAase 灭活);

    5) 样品运输: DNA低温运输(-20℃);且在运输过程中请用parafilm将管口密封好,以防出现污染。

     

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