染色质免疫共沉淀测序技术服务

实验技术简介：染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，利用该技术不仅可以检测体内反式因子与DNA的动态作 用，还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰以及转录因子与基因表达的关系。

结合高通量的新一代测序技术 （Illumina Hiseq），通过对染色质免疫共沉淀（ChIP）富集得到的DNA片断进行大规模测序，研究人员可获得数百万条序列标签，并能把所关注的蛋白的DNA结 合位点精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内组蛋白各种修饰状态、转录因子结合位点的高分辨率分布图。染色质免疫共沉淀测序（ChIP-Seq）是 继ChIP-chip之后，蛋白/核酸相互作用研究领域的又一技术突破。高质量、高通量、低成本的数据产出，为表观遗传组学研究提供了一套全新GX的技术 工具。

 

实验操作流程：
1、染色质免疫共沉淀（ ChIP ）
2、文库构建：
      DNA末端修复 
      将'A’ 碱基加到 DNA片段末端
      DNA片段末端加接头（adaptors）
      PCR扩增
      凝胶电泳分离纯化
3、DNA 成簇（ Cluster ）扩增
      DNA加到flow cell 表面
      桥式PCR（Bridge PCR）成簇扩增
4、高通量测序
5、数据分析
    a.基本数据分析
     原始数据读取（Raw Data, Total Reads）
     有效数据获取（Clean and Mappable Reads）
     确定富集区域（peak finding）
     富集区注释（peak annotation）
     富集区相关基因的GO和Pathway
     数据可视化
    b.高级数据分析
     ChIP-Seq&表达谱数据联合分析
6、提供实验报告  

 

实验注意事项：
客户提供：
2、样品量：细胞样品请提供至少5×10⁶个细胞，组织样品请提供至少100mg的组织块或切片。DNA样品请提供2μg以上的基因组DNA。
2、样品质量：DNA无明显降解，OD260/280值在1.7～1.9之间，浓度≥ 50ng/μl。
3、样品保存：细胞样品或新鲜组织块（切成～50mg的小块）用液氮速冻后，-80℃保存。DNA样品可溶于的超纯水或TE（PH8.0）中，-20℃短期保存或者-80℃长期保存。样品保存期间避免反复冻融。
4、样品运输：细胞或组织样品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰运输。DNA样本放离心管或者PCR板中，密封后，冰袋运输。
5、需要检测的羟甲基化位点信息。
6、目的基因或转录因子的相关背景资料。
交付标准：
Chipseq 数据分析：
1、基本数据分析数据产出统计：对测序结果进行图像识别（ Base calling ），去除污染及接头序列；
2、统计结果包括：测定的（ Reads ）长度、Reads 数量、数据产量。
3、 高级数据分析 ChIP-Seq 序列与参考序列比对； Peak calling ：统计样品Peak 信息（峰检测及计数、平均峰长度、峰长中位数）； 统计样品Uniquely mapped reads 在基因上、基因间区的分布情况及覆盖深度；给出每个样品Peak 关联基因列表及GO 功能注释； 在多个样品间，对Peak 区域的Binding Motif 鉴定及分析与Peak 关联基因做差异分析。 Gene Ontology 及Pathway 分析
其他：
1、客户只需提供样品，服务人员完成全部实验操作，包括染色质免疫共沉淀、IP与 Input DNA文库构建、高通量测序和数据分析、并提供完整的实验报告。
2、在hMeDIP-seq每个关键步骤都加入了质控实验，使得每个样品都能够顺利进入下个实验环节。
3、单管式建库，减少了由于反复纯化造成的样本损失，节省珍贵样品。