长链非编码RNA（long non-coding RNA, lncRNA）是一类长度大于200nt且不具备蛋白质编码功能的RNA分子。长链非编码RNA在多种层面上（表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等）调控基因的表达水平，在生命活动中具有重要作用。 长链非编码RNA测序是一种使用特定方法降低样本中 rRNA 的丰度，对富集到的 RNA 进行文库构建测序，再对数据进行信息分析的研究方法。lncRNA测序可一次性获得样本中几乎全部的lncRNAs信息，对lncRNAs的类别、功能进行全方位的深入分析，从而快速全面准确地获得与特定生物学过程（例如发育、疾病等）相关 lncRNA信息。
应用研究
探索发育过程中相关lncRNA的调控作用：比较不同发育阶段的差异表达lncRNA并对其靶基因进行分析注释，探索发育过程中相关lncRNA的调控作用。
研究肿瘤相关lncRNA：lncRNA 表达与多种癌症相关，肿瘤lncRNA测序可以分析肿瘤相关lncRNA，助力于肿瘤发生机理的研究。
筛选疾病相关新的lncRNA：lncRNA的研究还处于起步阶段，对疾病组织和正常组织进行lncRNA测序，可以全面识别已知和潜在lncRNA，筛选疾病相关新的lncRNA。
差异表达lncRNA分析 差异表达lncRNA-mRNA调控网络分析
经典案例解析
心肌梗死相关特异lncRNA及其调控作用
Genome-wide profiling of the cardiac transcriptome after myocardial infarction identifies novel heart-specific long non-coding RNAs . European Heart Journal. 2015
本研究通过对心肌梗死小鼠模型进行lncRNA测序，结果发现15075个转录本（其中2204个表达量上调，1338个表达量下调）和2509个lncRNA，其中988个（包括67个上调和66个下调lncRNA）可以在UCSC数据库中查到，1521个lncRNA（包括86个上调和225个下调lncRNA）是新发现的。其中60%新发现的差异表达lncRNA是心脏特有的，并且通过顺式和反式作用调节基因表达。结合ChIP-Seq,研究表明这些新发现的lncRNA与增强子活跃状态相关。
心肌梗死小鼠转录本整体情况 心脏相关特异转录本
