LncRNA测序

一、服务介绍

长链非编码RNAs（long non-coding RNAs，lncRNAs）一般是指长度大于200 nt的RNA，位于细胞核内或胞浆中，不参与蛋白质编码功能，以RNA形式在多种层面上（表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等）调控基因的表达水平，在生命活动中具有重要作用。
长链非编码RNA测序（long non-coding RNA sequencing，lncRNA-Seq）是一种使用特定方法降低样本中rRNA 的丰度，对富集到的 RNA进行文库构建，再对高通量测序仪产出的数据进行信息分析的研究方法。lncRNA-Seq可一次性获得样本中几乎全部的lncRNAs信息，对lncRNAs的类别、功能进行全方位的深入分析，从而快速全面准确地获得与特定生物学过程（例如发育、疾病等）相关 lncRNA信息。

二、数据分析内容

 标准分析项目

1) 去除接头序列、低质量序列，得到高质量数据；

2) 与核糖体数据库比对，去除核糖体RNA（rRNA）数据

3) 转录本组装；

4) 鉴定已知转录本（包括已知lncRNA）和新转录本；

5) 预测新的lncRNA；

6) lncRNA定量及差异分析（需至少2个样品）；

7) lncRNA差异表达模式聚类；

高级分析项目

基于互补序列的lncRNA-mRNA互作分析；

构建重要的lncRNA-mRNA网络图；

网络拓补学分析及网络模块分析；

功能富集分析；

ceRNA预测分析；

三、样品要求
1.样品类型：细胞、新鲜组织或RNA样品。
2.样品量：细胞样品请提供至少1×107个细胞，组织样品请提供至少300mg的组织块或切片，RNA样品请提供10 μg以上的总RNA。
3.样品质量：RNA无明显降解，提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间，浓度≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥7。
4.样品保存：细胞样品或新鲜组织块（切成~50mg的小块）可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后，-80℃保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。
5.样品运输：样品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰运输。